„Jan Paweł II na nowym etapie swojego cierpienia wkroczył na drogę męki Chrystusa” – mówił kard. Joseph Ratzinger wkrótce po tym, jak papież przeszedł operację tracheotomii. Ocenił wówczas, że milczenie papieża ma swój sens i Jan Paweł II jest gotowy w inny sposób przekazywać decyzje i komunikować się. Kardynał, który półtora miesiąca później miał zostać następca chorego papieża podkreślił, że symbolem długiego pontyfikatu Jana Pawła II jest cierpienie, które stanowi jedyne w swoim rodzaju przesłanie. "Również na drodze swojego cierpienia papież wiele ludziom powiedział i ofiarował".

Śmiertelnie chory Jan Paweł II zdążył jeszcze zobaczyć swoją świeżo wydaną książkę „Pamięć i tożsamość”. Pierwsze egzemplarze wręczył papieżowi 9 marca w klinice Gemelli prezes Społecznego Instytutu Wydawniczego Znak, Henryk Woźniakowski. Wedle jego relacji papież położył rękę na okładce, pogłaskał ją i powiedział: „Niech teraz idzie między ludzi”. W późniejszych dniach, na życzenie Jana Pawła II opiekujące się nim osoby czytały mu tę książkę na głos.

W 1989 i 1994 roku Jan Paweł II napisał dwa listy, w których wyraził gotowość ustąpienia z powodu ciężkiej choroby lub innej przeszkody, uniemożliwiającej pełnienie posługi (treść dokumentów ujawniono pięć lat po śmierci papieża). W liście z 15 lutego 1989 roku napisał: "(...) w przypadku choroby (...), która nie pozwoliłaby mi skutecznie pełnić mojej posługi apostolskiej, bądź w przypadku, gdyby inna poważna i długotrwała trudność była w tym również przeszkodą, zrezygnuję z mego świętego i kanonicznego urzędu, zarówno jako Biskupa Rzymu, jak i Głowy świętego Kościoła katolickiego, na ręce Księdza Kardynała Dziekana Kolegium Kardynalskiego (...)". W drugim liście, 74-letni wówczas papież napisał: „(...) pozostawiłem na piśmie moją wolę rezygnacji ze świętego i kanonicznego urzędu Rzymskiego Papieża w przypadku choroby, która byłaby uznana za nieuleczalną i która uniemożliwiałaby [skuteczne] pełnienie funkcji posługi Piotrowej".

We wrześniu 1981 r. Papież napisał specjalne przesłanie na temat zamachu, które miał odczytać podczas audiencji generalnej. Zaznaczył w nim, że swoje słowa kieruje „również do tego mojego brata, który 13 maja chciał pozbawić mnie życia, a chociaż do tego nie doszło, przyczynił się on do licznych ran, które musiałem leczyć przez wiele miesięcy". Papież zapewnił, że przebaczył sprawcy już w karetce, która wiozła go po zamachu i dodał: "Akt przebaczenia jest pierwszym i podstawowym warunkiem, abyśmy my, ludzie, nie byli nawzajem podzieleni i stanęli jeden przeciwko drugiemu, jak nieprzyjaciele". Ostatecznie zrezygnował z odczytania tego tekstu, uznając, że nie byłoby to właściwe z powodu toczącego się śledztwa w sprawie zamachu.

Przed zamknięciem drewnianej trumny z ciałem Jana Pawła II nastąpił obrzędem przykrycia jego twarzy białym welonem. Towarzyszyła temu modlitwa do Pana życia i śmierci: "Wierzymy, że życie Jana Pawła II jest obecne w Tobie. Jego twarz, nieoświetlona już światłem tego świata niech będzie na zawsze oświetlona Twoim, wiecznym i niewyczerpanym Światłem. Jego Twarz, która badała Twoje szlaki, żeby wskazać je Kościołowi, niech cieszy się Twoją łaską. Jego twarz, której my już nie będziemy oglądać, niech cieszy się Twoją obecnością".

Jan Paweł II został pochowany w miejscu, gdzie do 2001 r. był grobowiec Jana XXIII. Trumnę z ciałem tego papieża przeniesiono w związku z jego beatyfikacją (3 września 2000) do bazyliki św. Piotra.

Pogrzeb Jana Pawła II, który miał miejsce 8 kwietnia 2005 roku w Rzymie, stał się największym w dziejach świata zgromadzeniem najważniejszych przedstawicieli globu. W pożegnaniu papieża Wojtyły wzięło udział dwieście oficjalnych delegacji z szefami państw i rządów oraz przedstawicielami rodów królewskich i książęcych, przywódcami wyznań i religii z całego świata i szefami największych organizacji międzynarodowych.

Liturgii pogrzebowej Jana Pawła II przewodniczył dziekan kolegium kardynalskiego, kard. Joseph Ratzinger, a wraz z nim koncelebrowało 160 kardynałów i patriarchowie wschodnich Kościołów oraz kilkumilionowa rzesza wiernych ze wszystkich stron świata. W homilii podczas Mszy za duszę papieża kard. Ratzinger powiedział: „Możemy być pewni, że nasz umiłowany Papież jest obecnie w oknie domu Ojca niebieskiego, widzi nas i nam błogosławi”.

To właśnie Jan Paweł II "sprowadził" kard. Josepha Ratzingera, późniejszego Benedykta XVI, do Watykanu. 25 listopada 1981 r. dotychczasowy metropolita Monachium i Fryzyngi został mianowany prefektem Kongregacji Nauki Wiary. Stał się jedną z najbardziej wyrazistych postaci Watykanu i "strażnikiem doktryny" podczas całego niemal pontyfikatu papieża Wojtyły.

Podczas uroczystości pogrzebowej na Placu św. Piotra, zgodnie z tradycją trumna z ciałem papieża spoczęła nie na katafalku, lecz na dywanie rozłożonym na kamiennych schodach bazyliki. Przed pochówkiem w grotach watykańskich, trumnę cyprysową umieszczono w drugiej, metalowej i ocynkowanej. Na obydwu umieszczono pieczęcie urzędów watykańskich. Do środka włożono medale pamiątkowe pontyfikatu. Ciało Jana Pawła II zostało złożone do grobu 8 maja o 14.20.

(fragmenty książki "1001 rzeczy, które warto wiedzieć o Janie Pawle II", Wydawnictwo M)