Podczas ostatniej, jak miało się okazać, pielgrzymki do Polski, w 2002 r., papież „pożegnał się” z drogimi mu miejscami z młodości. Przejechał obok domu przy Tynieckiej, gdzie mieszkał wraz z ojcem po przyjeździe do Krakowa, przed kościołem św. Floriana, gdzie był duszpasterzem młodzieży, ponadto nawiedził grób rodziców, opactwo w Tyńcu i klasztor kamedułów na krakowskich Bielanach. Papieski helikopter przeleciał nad rodzinnymi Wadowicami i ukochanymi Tatrami...

Jan Paweł II zaczął pisać testament już pół roku po rozpoczęciu pontyfikatu – w marcu 1979 r. Tekst uzupełniał siedmiokrotnie, zawsze w czasie rekolekcji wielkopostnych. Ostatni zapis nosi pochodzi z roku 2000. W tym niezwykłym, bardzo osobistym dokumencie papież z wdzięcznością wspomina rodziców, rodzeństwo, ludzi związanych z bliskimi mu miejscami: Wadowicami, szkołą podstawową, gimnazjum, uniwersytetem, fabryką, Niegowicią, kościołem św. Floriana... "Wszystkim im pragnę powiedzieć jedno: 'Bóg Wam zapłać!'" Ten niezwykle prosty dokument kończą przywołane po łacinie słowa Chrystusa: "w ręce Twoje Panie oddaję ducha mego".

Ostatnią niedzielą w życiu papieża była Niedziela Wielkanocna 27 marca 2005. Tego dnia w południe chory Papież podszedł do okna swojego apartamentu, żeby z tego miejsca pozdrowić rzesze wiernych i turystów zgromadzone na Placu św. Piotra i udzielić tradycyjnego błogosławieństwa Urbi et Orbi (Miastu i światu). Nie był już jednak w stanie wypowiedzieć żadnego słowa, jedynie pobłogosławił wiernych.

Świadomość wzrastających ograniczeń fizycznych, niewątpliwie potęgowała cierpienie papieża. Na niespełna tydzień przed śmiercią wyznał swojemu otoczeniu: "jeśli nie mogę być z ludźmi, jeśli nie mogę celebrować Mszy św. w tak wielkie święto jak Wielkanoc, jeśli nie mogę przemówić, to lepiej, żebym odszedł".

Jan Paweł II doskonale zdawał sobie sprawę z tego, że umiera. W ostatnim dniu chciał mieć dużo spokoju. Poprosił, aby mu czytać Ewangelię św. Jana a wieczorem zwrócił się do najbliższych, żeby odprawili przy jego łóżku Mszę św. i przyjął jeszcze parę kropel Eucharystii, po czym stopniowo tracił świadomość.

Papież zmarł 2 kwietnia 2005 r. w wieku 84 lat. Śmierć nastąpiła o 21.37. Przy łożu Jana Pawła II umierającego w papieskich apartamentach byli jego najbliżsi współpracownicy m.in.: abp Stanisław Dziwisz osobisty sekretarz papieża, ks. prof. Tadeusz Styczeń, jego uczeń z KUL, ks. prałat Mieczysław Mokrzycki i opiekujące się Janem Pawłem II na co dzień siostry sercanki. Obecna była także dr Wanda Półtawska, którą z ks. Wojtyłą łączyła wieloletnia współpraca i przyjaźń.

Na dwa dni przed śmiercią Jan Paweł II zawierzył Kościół i świat Bożemu Miłosierdziu. W specjalnym telegramie z 31 marca 2005 na uroczystość Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach r., napisał m.in. "Pragnę ponownie zawierzyć tej Miłości Kościół i świat, wszystkich ludzi na całym okręgu ziemi, a także siebie samego w mojej słabości". Telegram został odczytany w sanktuarium nazajutrz po śmierci papieża, w niedzielę 3 kwietnia.

Pontyfikat 264. następcy św. Piotra trwał 26 lat 5 miesięcy i 16 dni i był trzecim co do długości w historii papiestwa – po św. Piotrze i Piusie IX. W audiencjach generalnych u Jana Pawła II uczestniczyło w sumie około 18 milionów osób.