Przejmujący opis ostatnich chwil Jana Pawła II przekazał kilka dni po jego śmierci obecny przy nim do końca ks. prof. Tadeusz Styczeń. "Byłem świadkiem, jak podnosił ręce (...) jak gdyby wołał . (...) ta twarz pojawiła się nieoczekiwanie jako twarz kogoś uśmiechniętego (...). Uśmiech, który jak gdyby nie konał, ale pozostawał żywy, coraz bardziej wymowny".

Zgodnie z tradycją towarzysząca pochówkom papieży, do trumny z ciałem Jana Pawła II włożono – zapieczętowany w specjalnej metalowej tubie – napisany po łacinie jego krótki życiorys. Początek tego dokumentu, zwanego "rogito", brzmi: „W świetle Chrystusa zmartwychwstałego, 2 kwietnia roku Pańskiego 2005, o godzinie 21:37 wieczorem, gdy sobota dobiegała kresu i weszliśmy już w Dzień Pański w Oktawie Wielkanocy i Niedzielę Bożego Miłosierdzia, umiłowany Pasterz Kościoła Jan Paweł II przeszedł z tego świata do Ojca. Jego odejściu towarzyszył modlitwą cały Kościół, zwłaszcza młodzież”.

Jan Paweł II, dzień przed śmiercią, pożegnał się ze swoim najbliższym otoczenie pisząc, z pomocą arcybiskupa Dziwisza, na niewielkiej karteczce: "Jestem radosny, wy także bądźcie. Módlmy się razem z radością. Wszystko powierzam Pannie Maryi".

„Gdy zaś nadejdzie chwila ostatecznego ‘przejścia’, pozwól, abyśmy umieli ją powitać z pokojem w sercu, nie żałując niczego, co przyjdzie nam porzucić” – napisał Jan Paweł II w ułożonej przez siebie w 1999 r. modlitwie, zamieszczonej w „Liście do osób w podeszłym wieku”.

Czas umierania papieża spowodował olbrzymie zainteresowanie mediów, nieporównywalne bodaj z żadnym innym wydarzeniem w dziejach świata. Nie jest tajemnicą, że światowe stacje telewizyjne już na wiele miesięcy wcześniej wyłożyły ogromne pieniądze za prawo do ustawienia kamer w miejscach, z których roztaczał się dogodny widok na Plac św. Piotra.

Poprzez fakt, że w ostatnich dniach życia papieża Jan Paweł II był absolutnym tematem nr 1 w mediach na całym globie, miliony ludzi na całym świecie mogły nie tylko na bieżąco śledzić rozwój sytuacji ale też modlić się w intencji papieża w poczuciu solidarności z wiernymi i turystami gromadzącymi się na Placu św. Piotra.

Świadectwo jakie dał światu umierający Jan Paweł II nazwano jego „piętnastą encykliką”. Powszechnie zwracano uwagę, że pomimo ciężkiej choroby chciał wypełnić swa misję do końca; że (w przeciwieństwie do dotychczasowych obyczajów watykańskich) nie czynił ze swojej choroby tajemnicy że z niezwykłym spokojem przyjmował nadchodzący kres życia, zachęcając otoczenie, by pozostawało radosne bo on sam zachowuje radość.

"Szukałem was, a teraz wy przyszliście do mnie i za to wam dziękuję" – wyszeptał na łożu śmierci Jan Paweł II, gdy dowiedział się, że na Plac św. Piotra przybyły rzesze młodych ludzi by modlić się w jego intencji.

„Umierający Jan Paweł II przypominał mi Chrystusa, z tą różnicą, że Chrystus na krzyżu mógł mówić, Papież zaś odchodził w milczeniu” – powiedział na kilka dni przed śmiercią papieża doktor Renato Buzzonetti. Włoski lekarz towarzyszył mu od początku pontyfikatu aż do ostatnich chwil.

Ostatnie w swoim życiu nabożeństwo Drogi Krzyżowej, ciężko chory papież odprawił w Wielki Piątek, 25 marca 2005 w swojej prywatnej kaplicy, obserwując na ekranie telewizora transmisję z tradycyjnej Drogi Krzyżowej w Koloseum. Pod koniec nabożeństwa papież wziął w dłonie duży, drewniany krzyż. Fotografie, na których uwieczniono te chwile, należą do najbardziej znanych zdjęć całego pontyfikatu.

Podczas ostatniego w życiu pobytu w klinice Gemelli, Jan Paweł II przeszedł 24 lutego operację tracheotomii. Zabieg miał pomóc papieżowi w oddychaniu. Stan papieża rzeczywiście poprawił się, ale – co jest naturalnym skutkiem takiego zabiegu – papież na początku utracił głos, choć po kilku dniach, choć z trudem, porozumiewał się z otoczeniem.