Jan Paweł II był gorącym zwolennikiem integracji Europy, której powojenny podział, uniemożliwiający jej oddychanie "dwoma płucami", wschodnim i zachodnim, uważał za wyjątkowo szkodliwy dla całego Kontynentu.
„To niesłychana fraza, wyrosła z pytania: czego oczekuje Chrystus? – ocenia gnieźnieński apel papieża w obronie zapomnianych narodów Europy o. Maciej Zięba, dominikanin. – Brzmiało to wówczas prawie absurdalnie, zupełnie niewiarygodnie i trochę rebeliancko, bo to był jednak dla Związku Radzieckiego policzek. Tak to musiało zabrzmieć w czasach obustronnej realpolitik. A to jest ów mistycyzm wniesiony w rzeczywistość polityczną. Doświadczenie mistyczne, które każe głośno i odważnie mówić Wojtyle do władców świata, że nie można traktować ludzi jedynie jako ofiary lub efektu procesów politycznych czy ekonomicznych. To są żywi ludzie, każdy ze swoją nieskończoną godnością, i trzeba mówić o nich i za nich, trzeba ich po prostu bronić”.
Po raz pierwszy za pontyfikatu papieża-Polaka sprawowano tzw. Nieszpory Europejskie. Miało to miejsce podczas wizyty w Austrii (wrzesień 1983). Jan Paweł II tłumaczył wówczas, że w krzyżu „jest nadzieja na chrześcijańską odnowę Europy, ale tylko wówczas, gdy my, chrześcijanie, sami na serio podejmiemy orędzie Krzyża (...) Krzyż znaczy: miłość nie zna granic – rozpocznij od tych, którzy są najbliżej ciebie, i nie zapominaj o tych, którzy są najdalej”.
„Jeżeli z jednej strony Zachód wciąż daje świadectwo działania ewangelicznego zaczynu, to równocześnie z drugiej nie mniej mocne są prądy antyewangelizacji. Godzi ona w same podstawy ludzkiej moralności, godzi w rodzinę i propaguje moralny permisywizm, rozwody, wolną miłość, przerywanie ciąży, antykoncepcję, walkę z życiem na etapie poczęcia, a także na etapie schyłku, manipulację życiem” – pisał papież w książce „Pamięć i tożsamość”.
Po upadku komunizmu w Europie papież przestrzegał niejednokrotnie, że choć upadł mur berliński, na kontynencie wyrastają nowe mury, przede wszystkim mury różnych nacjonalizmów. Wspominał też niejednokrotnie, iż współcześni Europejczycy zagłuszają w sobie głos Boga i chcą żyć tak, „jakby Bóg nie istniał”. Charakter swoistego testamentu ma papieskie wystąpienie z marca 2004 r. kiedy to, odbierając w Watykanie Międzynarodową Nagrodę Karola Wielkiego, szkicował kształt przyszłej Europy: „Europa, o jakiej marzę, to polityczna, a przede wszystkim duchowa jedność, w której chrześcijańscy politycy wszystkich krajów są świadomi bogactw, jakie daje człowiekowi wiara: jako zaangażowani mężczyźni i kobiety starają się owe bogactwa wykorzystać w służbie wszystkich, aby powstawała Europa ludzi, nad którą jaśnieje oblicze Boga. Oto marzenie, które noszę w sercu i które chciałbym przy tej okazji powierzyć państwu i przyszłym pokoleniom”.
Za jedno z głównych niebezpieczeństw współczesnego świata uważał papież w „utratę wrażliwości sumienia” i, w konsekwencji, zaćmienie poczucia Boga. Cytując słowa Piusa XII iż „grzechem tego wieku jest utrata poczucia grzechu” ubolewał z powodu ekspansji sekularyzmu a więc „poglądów i zwyczajów broniących humanizmu całkowicie oderwanego od Boga i całkowicie skoncentrowanego na kulcie działania oraz produkcji (...)”. Spotykając się natomiast z przedstawicielami litewskiego świata kultury i nauki (Wilno, wrzesień 1993) dokonał analizy, w której bynajmniej nie chodziło tylko o historię: „Totalitaryzmy o przeciwnych znakach i chore demokracje doprowadziły do głębokich wstrząsów w dziejach naszego stulecia. Każdy z systemów, następujących po sobie i wzajemnie się zwalczających, miał swą własną fizjonomię, nie sądzę jednak, by błędem było uznanie ich wszystkich za wytwory jednej i tej samej kultury immanencji, bardzo rozpowszechnionej w Europie ostatnich wieków, z której rodzą się wizje istnienia osobowego i zbiorowego ignorujące Boga i lekceważące Jego zamysł wobec człowieka”.