Jan Paweł II był gorącym zwolennikiem integracji Europy, której powojenny podział, uniemożliwiający jej oddychanie "dwoma płucami", wschodnim i zachodnim, uważał za wyjątkowo szkodliwy dla całego Kontynentu.
Papież podejmował wiele wysiłku na rzecz ukazania Europie dziedzictwa zapomnianego nieco Wschodu Starego Kontynentu. 31 grudnia 1980 a więc w czasie gdy ów Wschód oddzielony był od reszty świata żelazną kurtyną, ogłosił świętych Cyryla i Metodego, apostołów Słowian, współpatronami Europy. W ten sposób po raz kolejny dał wyraz przekonaniu, iż historia kontynentu bez uwzględnienia bogatej duchowości jego wschodniej części byłaby zubożona i zafałszowana.
Wizję Europy jako wręcz "przewodniczki cywilizacji światowej" nakreślił papież podczas przemówienia w Parlamencie Europejskim w Strasburgu (9 października 1988 r.). Podkreślił przy tym, że aby znów mogła zasłużyć na to miano musi pozostać wierna swojej wspaniałej humanistycznej tradycji, która czerpała z chrześcijaństwa i pozostawała otwarta na religijną inspirację.
Swoją czwartą encykliką – "Slavorum Apostoli" (Apostołowie Słowian) z 2 czerwca 1985 r. – papież złożył wielki hołd Cyrylowi i Metodemu przypominając ich misyjne dzieło. W czasach, gdy Europa podzielona była „żelazną kurtyną”, Papież zapisał w tym dokumencie swoją modlitwę, aby "cała Europa coraz bardziej odczuwała potrzebę jedności w wierze chrześcijańskiej oraz braterskiej wspólnoty wszystkich jej narodów (...)".
Były prezydent Francji Valery Giscard d'Estaing ujawnił tuż po śmierci papieża, że Jan Paweł II osobiście bardzo zabiegał o to, aby w Traktacie Konstytucyjnym Unii Europejskiej zostało wymienione z nazwy chrześcijaństwo. Papież prosił o to francuskiego polityka na zakończenie osobistej z nim rozmowy. Ujawniając ten fakt jednemu z francuskich dzienników Giscard, który kierował pracami nad Traktatem Konstytucyjnym, przyznał, że wtedy odpowiedział Papieżowi, iż jego prośba nie będzie mogła być spełniona. Jako główny powód wymienił fakt, że tekst traktatu musi zostać zaakceptowany przez wszystkie 25, bardzo zróżnicowane, kraje członkowskie UE.
Stawiając przed współczesną Europą zadanie budowania na fundamencie, który stanowił o jej wspaniałej przeszłości, papież przypominał wielokrotnie, że duchowy i cywilizacyjny rozkwit zawdzięczał Stary Kontynent myśli Greków, Rzymian, Żydów i chrześcijan, i że właśnie z chrześcijaństwem historia tego kontynentu związana jest w sposób szczególny i nierozerwalny.
Europa dryfuje w kierunku odwrotnym do tego, w którym znajdują źródła jej duchowej siły, zaś inspiracje chrześcijańskie są systematycznie wypłukiwane z życia narodów o bogatej, chrześcijańskiej tradycji – to najkrótsze streszczenie jednej z głównej myśli, jaką papież dzielił się z mieszkańcami Starego Kontynentu.
Kiedy w kwietniu 1990 roku papież odwiedził Czechosłowację, spotkał się m.in. z przedstawicielami świata kultury. Wypowiedział wówczas znamienne słowa” „Zjednoczona Europa nie jest już tylko snem, nie jest utopijnym wspomnieniem średniowiecza. Właśnie w obecnym czasie, na naszych oczach, staje się ona znowu rzeczywistością”. Równie ważne słowa, wedle niektórych, jedna z najważniejszych w całym pontyfikacie wygłosił na lotnisku w Pradze, toż po przybyciu do Czechosłowacji: „Zamiar zbudowania świata bez Boga okazał się iluzoryczny. I nie mogło być inaczej! Nieznany pozostawał tylko moment i sposób, w jaki miało to nastąpić”.
Już na początku pontyfikatu podczas podróży do dwóch krajów o wspaniałej tradycji chrześcijańskiej, papież zadał dramatyczne pytania: „Irlandia musi wybrać. Kraj Wasz wydaje się przeżywać kuszenie Chrystusa”; „Francjo, najstarsza córko Kościoła, czy jesteś wierna przyrzeczeniom twojego Chrztu?”