Jan Paweł II był gorącym zwolennikiem integracji Europy, której powojenny podział, uniemożliwiający jej oddychanie "dwoma płucami", wschodnim i zachodnim, uważał za wyjątkowo szkodliwy dla całego Kontynentu.
Po raz pierwszy o zjednoczonej Europie „od Atlantyku po Ural” papież mówił w niemieckiej Spirze w 1987 r. Jednak już wówczas, choć oczekiwał upadku komunizmu, Jan Paweł II wyraził niepokój (często powtarzany w późniejszych latach, także po wolnościowych przemianach w Europie) o to, wedle jakich zasad będzie żył Stary Kontynent w nowych czasach. I już wówczas, np. w przemówieniu do niemieckich biskupów, przestrzegał przed zgubnymi konsekwencjami fałszywych humanizmów sprzymierzonych z nowoczesnymi technologiami. Wnikliwi obserwatorzy pontyfikatu zwracają uwagę, że dwa lata przed fiaskiem komunizmu Jan Paweł II stawiał Europie pytania o przyszłość – o to, czym jest wolność, jaki rodzaj wolności wybierze oraz pytanie kluczowe i charakterystyczne dla tego papieża: „wolność do czego” (w przeciwieństwie do bardziej popularnego i łatwiejszego: wolność od czego).
Choć Jan Paweł II wielokrotnie mówił z niepokojem o odchodzeniu Europy od wartości duchowych, które w minionych wiekach zadecydowały o jej kulturowej potędze, to jednocześnie starał się dodawać otuchy współczesnym chrześcijanom i wskazywać drogi wyjścia z pogłębiającego się impasu. Na przykład we wrześniu 1996 r., podczas wizyty we Francji, upamiętniającej 1500. rocznicę chrztu Chlodwiga, króla Franków, a tym samym przyjęcia chrześcijaństwa przez Francję, mówił: „Właśnie gdy ogarnia nas noc, musimy myśleć o nadchodzącym świcie, musimy wierzyć, że Kościół się odradza każdego poranka przez swoich świętych”.
Podczas wizyty w polskim parlamencie (1999), kiedy to żywa była debat na temat „za” i „przeciw” przystąpienia Polski do Unii Europejskiej, Jan Paweł II, niejako włączył się w tę debatę mówiąc m.in.: "Integracja Polski z Unią Europejską jest od samego początku wspierana przez Stolicę Apostolską. Doświadczenie dziejowe, jakie posiada naród polski, jego bogactwo duchowe i kulturowe mogą skutecznie przyczynić się do ogólnego dobra całej rodziny ludzkiej, zwłaszcza umocnienia pokoju i bezpieczeństwa w Europie". Użył też wówczas znamiennego sformułowania: "Od Unii Lubelskiej do Unii Europejskiej".
Jednym z najważniejszych wystąpień papieża na temat Europy był tzw. „Akt europejski”, który przedstawił papież w słynnym hiszpańskim sanktuarium Santiago de Compostela w listopadzie 1982 r,: „Ja, Jan Paweł (...), pasterz Kościoła powszechnego, z Santiago kieruję do ciebie, stara Europo, wołanie pełne miłości: Odnajdź siebie samą! Bądź sobą! Odkryj swoje początki. Tchnij życie w swoje korzenie. (...) Możesz jeszcze być latarnią cywilizacji i bodźcem postępu dla świata”.
Podczas historycznej wizyty w zjednoczonych Niemczech, w czerwcu 1996 r. papież, wraz z kanclerzem Helmutem Kohlem przeszedł, ze wschodu na zachód przez stojącą na granicy dawnego Berlina wschodniego i zachodniego Bramę Brandenburską, symbolizującą podział kraju i Europy. W płomiennym przemówieniu apelował: Nie gaście ducha! Zostawcie tę Bramę otwartą dla wszystkich ludzi (...) Zostawcie ją otwartą przez otwarcie waszych serc. Nie ma wolności bez miłości”. Kanclerz Niemiec był pod wielkim wrażeniem wystąpienia papieża. Tego samego dnia wieczorem, wspominając w prywatnej rozmowie spotkanie z nim, zauważył: „To największy człowiek drugiej połowy wieku, a może nawet całego stulecia”.