Gdy miał 50 lat, za zezwoleniem małżonki wstąpił do klasztoru reformowanych benedyktynów

Po kampanii wojennej, gdy miał już 50 lat, za zezwoleniem małżonki znowu wstąpił do klasztoru reformowanych benedyktynów nazywających się „Przyjaciółmi Boga”. Jednak we śnie otrzymał napomnienie, że wolą Bożą jest, aby w rodzinnych stronach jako pustelnik budował i zachęcał do bogobojnego życia swoich współziomków. Dlatego założył w Ranft w pobliżu Filie mały domek i kapliczkę, gdzie modlitwę łączył z uczynkami pokutnymi. 

Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin. 

Zmarł 21 marca 1487 roku. Jego proces kanoniczny mógł się jednak rozpocząć dopiero w roku 1587, gdyż Szwajcaria przechodziła wówczas okres wojen religijno-politycznych. 

W roku 1669 papież Klemens IX zezwolił na jego kult, a papież Klemens X rozszerzył kult św. Mikołaja na całą Szwajcarię. W roku 1947 papież Pius XII dokonał jego uroczystej kanonizacji, ogłaszając równocześnie św. Mikołaja głównym patronem Szwajcarii. 

W ikonografii św. Mikołaj z Flue przedstawiany jest w długiej pokutnej szacie, boso. Jego atrybutami są: kij wędrowca lub wieniec z róż.