Urodził się 20 lipca 1866 r. w Korzeniówce koło Drohiczyna na Podlasiu.
Święcenia kapłańskie przyjął 5 lipca 1891 r. w katedrze lubelskiej, po czym został wikariuszem parafii Nawrócenia św. Pawła w Lublinie. Przez czternaście lat prowadził wykłady z Pisma Świętego, katechetyki, kaznodziejstwa, teologii moralnej i prawa kanonicznego.
Był wrażliwy na potrzeby innych i nie pozostawał obojętnym wobec biedy i upadku moralnego, z którymi zetknął się w czasie swojej pracy. Już w 1893 r. stworzył Lubelski Dom Zarobkowy, w którym można było pracować w wielu warsztatach, zarabiając na utrzymanie i mieszkanie. Dla moralnie upadłych kobiet założył Przytułek św. Antoniego. Zakładał też domy opieki dla starców i sierocińce.
Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin.
Zgromadzenie to do dziś prowadzi drukarnię i wydaje wiele pism, kontynuując w ten sposób dzieło ks. Kłopotowskiego.
Ignacy Kłopotowski zmarł nagle 7 września 1931 r. Proces beatyfikacyjny rozpoczęto w 1988 r. W grudniu 2004 r. w obecności papieża św. Jana Pawła II ogłoszono dekret o heroiczności cnót ks. Ignacego. 3 maja 2005 r. Stolica Apostolska orzekła, że złożone w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych udokumentowane świadectwo uzdrowienia ks. Antoniego Łatko z Szerokiej ma charakter cudu dokonanego za pośrednictwem ks. Kłopotowskiego. Beatyfikacja ks. Ignacego odbyła się 19 czerwca 2005 r. w Warszawie.