Modlitwa w intencji zmarłych trwa w podziemiach Kaplicy Matki Bożej na Jasnej Górze. W jej niszach wykutych w skale pochowani są ojcowie i bracia paulini. Zabytkowe krypty otwierane są raz w roku, w listopadzie.
Krypta jest jednym z najstarszych miejsc w Sanktuarium. Przez jej środek przebiega ściana, w której znajduje się 36 wnęk – wyjaśnia o. Melchior Królik OSPPE, jasnogórski archiwista: „To są takie nisze, wgłębienia. W trumnach, ale takich bardzo zwyczajnych, ledwie oheblowanych, nawet niemalowanych, w takich deskach zwyczajnych na znak skromności chowano paulinów, oczywiście w kapturze na głowie i w skarpetkach bez butów. Do tej niszy wkładano nieboszczyka, zamurowywano i tu są napisy, gdzie ktoś jest pochowany”.
Tradycyjnie w Dzień Zaduszny w krypcie zakonnicy odprawiają Msze św. w intencji zmarłych współbraci i pielgrzymów. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano w urnach prochy mnichów. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Od drugiej połowy ubiegłego wieku ciała zmarłych jasnogórskich mnichów grzebane są na częstochowskim cmentarzu św. Rocha.
Otwarte dla pielgrzymów krypty w podziemiach Kaplicy Matki Bożej nawiedzać można do końca listopada.