Polski system podatkowy traktuje Kościół katolicki tak jak inne instytucje i osoby fizyczne. Każdy duchowny opłaca podatki: zryczałtowany bądź od wynagrodzenia, a instytucje kościelne prowadzące działalność gospodarczą są opodatkowane jak wszystkie inne.
Wkład Kościoła do budżetu to nie tylko płacone podatki, ale także prowadzenie różnych instytucji wypełniających zadania państwa.
Podatek zryczałtowany
Duchowni, którzy osiągają przychody z działalności duszpasterskiej są płatnikami podatku zryczałtowanego. Księża wikariusze i proboszczowie zostali potraktowani przez państwo podobnie jak osoby fizyczne, które prowadzą pozarolniczą działalność gospodarczą (Dz. U. z 1998 r., nr 144, poz. 930). Obowiązuje ich podatek dochodowy w formie ryczałtu od przychodów z ofiar otrzymywanych w związku z pełnionymi funkcjami o charakterze duszpasterskim.
Wysokość ryczałtu ustalana jest odrębnie na każdy rok podatkowy przez urząd skarbowy właściwy dla miejsca wykonywania funkcji o charakterze duszpasterskim. Kwartalne stawki ryczałtu zamieszczone są w załącznikach do ustawy (nr 5 i 6) i stosuje się je odpowiednio do osób duchownych innych wyznań, którzy sprawują porównywalne funkcje.
Przewidziano stawki ryczałtu dla duchownych kierujących parafią i wikariuszy, w zależności od wielkości parafii (liczy się liczba mieszkańców) i miejsca zamieszkania. Statystyczny proboszcz płaci obecnie 344 a wikary 259 zł. kwartalnie. Można oszacować, że w sumie księża płacą co najmniej 35 mln zł podatku dochodowego rocznie. Co ciekawe, księża płacą podatek od liczby mieszkańców parafii a nie od faktycznej liczby wiernych. W ten sposób system podatkowy podkreśla misyjność Kościoła i odpowiedzialność duszpasterską za wszystkich ludzi.
Umowy o pracę
Jeśli jednak księża, siostry zakonne i zakonnicy są zatrudnieni na etacie, to wówczas płacą podatek dochodowy i podlegają takim samym zasadom jak inni pracownicy. Najczęściej wykonywane prace to katecheta, nauczyciel, wykładowca, pomoc medyczna, kurialista. W 2009 r. pracowało w Polsce 33 492 katechetów, w tym 18 348 katechetów świeckich, 11 382 księży diecezjalnych, 1152 księży zakonnych i 2610 sióstr zakonnych.
Jeżeli przyjmiemy średnią pensję katechety w wysokości 3 tys. zł. brutto, to realnie płacony podatek wynosi ok. 380 zł. Rocznie daje to 69 mln zł podatku PIT od pensji osób duchownych zatrudnionych w szkołach, nie licząc innych duchownych płacących tę formę podatku.
Działalność gospodarcza
Instytucje, czyli parafie, kurie, klasztory mogą, ale nie muszą prowadzić działalności gospodarczej. Jeżeli prowadzą działalność gospodarczą muszą ją zarejestrować i płacą takie same podatki CIT, PIT, VAT jak wszystkie podmioty gospodarcze.
Co prawda kościelne osoby prawne nie płacą podatku dochodowego od dywidendy, ale w podobnej sytuacji są inne instytucje działające na rzecz społeczeństwa np. ochotnicza straż pożarna czy kluby sportowe.
Ulgi i zwolnienia
Ulgi i zwolnienia podatkowe względem Kościoła i jego instytucji zamieszczone w regulacjach prawnych mają przede wszystkim na celu wspieranie Kościoła w prowadzeniu przez niego różnych dzieł religijnych, charytatywno-opiekuńczych, oświatowych i wychowawczych, które służą dobru człowieka.
Instytucje kościelne, które nie prowadzą działalności gospodarczej nie płacą podatku dochodowego i są traktowane tak jak fundacje, które wykonują ważne zadania dla społeczeństwa i nie prowadzą działalności gospodarczej.
Podatki od nieruchomości
Ustawa o stosunku Państwa do Kościoła katolickiego zwalnia kościelne osoby prawne od opodatkowania i od świadczeń na fundusz gminny oraz fundusz miejski z tytułu posiadanej nieruchomości o ile są one przeznaczone na kult religijny lub cele edukacyjne (szkoły, seminaria). Zwolnione są również: klasztory, kurie i zabytki. Za użytki rolne i lasy Kościół płaci takie same podatki jak każdy inny właściciel.