W 1983 r. władze PRL nasiliły ataki na ks. Jerzego Popiełuszkę. Ich kulminacją była tzw. prowokacja na Chłodnej, gdy do jego mieszkania podrzucono kompromitujące materiały. Zdaniem historyków prowokacja SB i późniejsze śledztwo były wstępem do planu zabicia kapelana "Solidarności".
Od wprowadzenia stanu wojennego władze komunistyczne coraz pilniej śledziły działalność duszpasterską ks. Jerzego Popiełuszki. Drażniła je rosnąca popularność mszy za ojczyznę, nazywanych w propagandzie "mitingami antykomunistycznymi". Pielgrzymka Jana Pawła II w czerwcu 1983 r. udowodniła, że podziemna "Solidarność" upatruje nadziei na dalsze trwanie oporu społecznego m.in. we wsparciu kapłanów będących jej nieformalnymi kapelanami. Z punktu widzenia Wojciecha Jaruzelskiego i jego otoczenia pielgrzymka była okazją do wzmożenia propagandowej narracji o "normalizacji" zapewnionej dzięki obowiązywaniu stanu wojennego. Umiarkowana postawa episkopatu pod przywództwem nowego prymasa Józefa Glempa sprawiała, że reżim nie decydował się na frontalny atak na Kościół. Ataki na duchownych stojących po stronie "Solidarności" ograniczano do sfery propagandy, inwigilowania i prób zastraszania. Rezygnowano z aresztowań i ze skazywania kapłanów.
1 września 1983 r., a więc tuż po trzeciej rocznicy podpisania Porozumień Sierpniowych, naczelnik wydziału śledczego MSW ppłk Adam Adamski skierował list do Głównego Urzędu Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk. Pytał w nim cenzorów, w jaki sposób ocenić odpowiedzialność prawną ks. Popiełuszki za kazania wygłaszane podczas mszy za ojczyznę. "Omawiany tekst posługując się tendencyjnym doborem faktów i ocen, lansuje tezy zbieżne z rozpowszechnianymi +prawdami+ krajowych i zagranicznych ośrodków dywersji politycznej, a tym samym stanowi zagrożenie dla ładu i bezpieczeństwa publicznego" - zaznaczył jeden z cenzorów. Jako przykład wymienił stwierdzenie, że władze odbierają Polakom swobody obywatelskie. Kilkanaście dni później ppłk Adamski zapytał stołeczny Wydział ds. Wyznań o interwencje w sprawie homilii ks. Popiełuszki. W odpowiedzi wyjaśniono, że mimo rozmów i pism kierowanych do kurii archidiecezjalnej ks. Jerzy "nadużywa praktyk religijnych do wystąpień antypaństwowych". 22 września prokurator Anna Jackowska z Prokuratury Wojewódzkiej w Warszawie wszczęła w tej sprawie śledztwo. Cztery dni później dzięki działaczom podziemia wiadomość ta dotarła do ks. Popiełuszki. Przez kolejne tygodnie nie był wzywany na przesłuchanie.
Tymczasem władze nie rezygnowały z nacisków na episkopat. W czasie rozmowy z sekretarzem Komisji Wspólnej Przedstawicieli Episkopatu Polski i Rządu PRL ks. Alojzym Orszulikiem szef MSW gen. Czesław Kiszczak stwierdził, że hierarchia kościelna nie potępia "politycznych" wystąpień ks. Henryka Jankowskiego i ks. Popiełuszki. Sprawą zajęło się Biuro Polityczne KC PZPR, które 25 października 1983 r. nakazało przygotowanie "neutralizacji Kościoła przed zbliżającym się kolejnym progiem zagrażającym osiągniętej stabilizacji społeczno-politycznej i gospodarczej kraju".
W ciągu następnych dwóch miesięcy ks. Jerzy Popiełuszko odprawił kolejne msze za ojczyznę. W homiliach przypomniał list Jana Pawła II do matki zamordowanego maturzysty Grzegorza Przemyka, Barbary Sadowskiej, mówił o największych zrywach przeciwko władzy komunistycznej i upominał się o więźniów politycznych.
Na porannej mszy w piątek 2 grudnia 1983 r. w kościele św. Stanisława Kostki pojawiło się aż dwunastu esbeków. W ciągu kilku kolejnych godzin próbowali wręczyć pozostałym kapłanom parafii wezwanie ks. Jerzego do prokuratury. Wkrótce na plebanię przyjechało kilkudziesięciu hutników z nieodległej Huty Warszawa. Przez następne dwa dni uniemożliwiali oni funkcjonariuszom niepokojenie ks. Popiełuszki. Była to postawa zgodna z radami, których udzielał mecenas Edward Wende, aby ksiądz nie przyjmował jakichkolwiek wezwań do prokuratury. Równocześnie Kiszczak i jego otoczenie ponownie naciskali na episkopat, aby biskupi wymogli na "niepokornych księżach" ograniczenie działalności. Ks. Orszulik odparł, że ich celem nie jest obalenie ustroju, ale jego uzdrowienie. Ostatecznie stwierdził, że ks. Popiełuszko stawi się na przesłuchanie 12 grudnia.
Do siedziby prokuratury wraz z księdzem przyjechali m.in. mecenasi Edward Wende i Tadeusz de Virion. Towarzyszyli mu w czasie przesłuchania, które nagle zostało przerwane. Prokuratorzy poinformowali, że mieszkanie duchownego zostanie przeszukane. Nie mieli na myśli mieszkania na żoliborskiej plebanii, lecz kawalerkę w piętnastopiętrowym bloku przy ul. Chłodnej 15. Ks. Jerzy otrzymał ją w prezencie od mieszkającej w USA ciotki Mary Kalinowski. Do lokum nie pojechali adwokaci księdza. Towarzyszył mu tylko jego kierowca Waldemar Chrostowski. Wśród esbeków przeszukujących byli jego przyszli mordercy. Po wejściu do mieszkania zaczęli "odkrywać" kolejne skrytki zawierające podziemne czasopisma i farbę drukarską. W jednej ze skrytek znaleźli granaty z gazem łzawiącym, naboje i materiał wybuchowy. "Panowie, przesadziliście" - skomentował ze śmiechem ks. Popiełuszko. Sytuację z podrzuconymi materiałami uwieczniła czekająca przed blokiem ekipa telewizyjna.
Ks. Popiełuszkę zatrzymano. Zanim został wyprowadzony z mieszkania, napisał w łazience skierowany do proboszcza swojej parafii ks. Teofila Boguckiego gryps, w którym podkreślał, że należy zrobić wszystko, aby jego aresztowanie nie było pretekstem do masowych protestów. Zapewnił, że nie będzie zeznawał. Następnie został przewieziony do siedziby Stołecznego Urzędu Spraw Wewnętrznych w pałacu Mostowskich i przeszukany.
Został zwolniony po kilkunastu godzinach, tuż po interwencji abp. Bronisława Dąbrowskiego u gen. Kiszczaka. Wcześniej postawiono mu zarzuty przechowywania amunicji, materiałów wybuchowych oraz nielegalnych pism "lżących władze PRL". Ksiądz odmówił składania zeznań. W protokole zanotowano, że stwierdził, iż działania władz są prowokacją. Przed kościołem powitały go setki wiernych.
W kolejne dni władze rozpętały gigantyczną kampanię propagandową. W "Trybunie Ludu" ukazał się tekst pt. "Garsoniera obywatela Popiełuszki", w którym usiłowano przedstawić duchownego jako człowieka majętnego i zainteresowanego wyłącznie swoimi interesami. Sugerowano, że prowadził "podwójne życie". "Fakt, iż młody ksiądz ma w Warszawie dwa mieszkania, zaskoczył, a nawet oburzył wielu wiernych" - pisał anonimowy pracownik mediów PRL. Krążyły plotki, że autorem tych artykułów był główny propagandysta reżimu Jerzy Urban.
Do połowy 1984 r. ks. Popiełuszko był wzywany na przesłuchania aż dziewięć razy. Zawsze odmawiał zeznań, ale esbecy wzywali go po raz kolejny. Przesłuchiwano także wiele związanych z nim osób. Śledztwo w jego sprawie zostało umorzone 24 sierpnia 1984 r., ponad miesiąc po wejściu w życie kolejnej ustawy amnestyjnej. O tej decyzji ks. Jerzy został powiadomiony dopiero cztery dni później. Nie oznaczało to, że reżim przestał interesować się jego działalnością duszpasterską. Złowrogim sygnałem był pożar mieszkania Waldemara Chrostowskiego, do którego doszło 1 września 1984 r. 12 września w sowieckiej "Izwiestii" ukazał się artykuł, w którym wymieniono nazwisko Popiełuszki. Propagandyści oskarżyli go m.in. o organizowanie mszy, w trakcie których wznoszone było hasło przyłączenia Lwowa i Wilna do Polski. Tydzień później w tygodniku "Tu i Teraz" ukazał się jeden z najsłynniejszych tekstów atakujących kapłana. Ukrywający się pod pseudonimem Jan Rem Jerzy Urban określił duchownego jako organizatora "sesji politycznej wścieklizny". 13 października doszło do pierwszej próby zamachu na Popiełuszkę. Druga próba "uciszenia księdza", przeprowadzona m.in. przez wykonawców prowokacji na Chłodnej, okazała się tą najtragiczniejszą.
W 2019 r. pion śledczy IPN w Warszawie skierował akt oskarżenia wobec byłych funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa: Grzegorza Piotrowskiego, Waldemara Chmielewskiego i Leszka Pękali (dwaj ostatni od 1989 r. noszą inne nazwiska). "Przestępcze działania oskarżonych polegały na nielegalnym wejściu do mieszkania należącego do ks. Jerzego Popiełuszki w Warszawie przy ul. Chłodnej, pozostawienia w nim amunicji, materiałów wybuchowych oraz ulotek i wydawnictw, których posiadanie było wówczas zabronione, a następnie doprowadzeniu do ich ujawnienia w wyniku przeszukania przeprowadzonego w dniu 12 grudnia 1983 r., co skutkowało wdrożeniem przeciwko pokrzywdzonemu postępowania karnego o czyn z art. 194 kk z 1969 r." - czytamy w wydanym przez IPN komunikacie.
W październiku tego samego roku warszawski sąd okręgowy umorzył jednak sprawę z powodu przedawnienia. Uznał, że choć czyn zarzucony trójce oskarżonych stanowi zbrodnię komunistyczną, to w momencie jego popełnienia nie stanowił zbrodni przeciw ludzkości, która się nie przedawnia, i uległ przedawnieniu z początkiem 1995 r. Decyzję taką - po zażaleniu IPN - utrzymał w styczniu 2020 r. Sąd Apelacyjny w Warszawie.
Kasację na takie rozstrzygnięcia Sądu Apelacyjnego złożył szef pionu śledczego IPN, zastępca Prokuratora Generalnego-Dyrektor Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Andrzej Pozorski. "Analiza orzeczeń sądów prowadzi do wniosku, że potraktowały one to zdarzenie [prowokację wobec kapłana - przyp. PAP] jako zdarzenie jednostkowe, absolutnie wyrwane z kontekstu historycznego" - argumentował w czasie rozprawy prokurator Robert Kopydłowski. Tymczasem - jak wskazywał - zdarzenie to było jednym z całego ciągu działań wobec księdza i "wpisujących się w ówczesną politykę skierowaną przeciwko społeczeństwu", co finalnie doprowadziło do zabójstwa duchownego. Ponadto w ocenie pionu śledczego IPN czyny oskarżonych funkcjonariuszy SB kwalifikowały się jako zbrodnia przeciwko ludzkości, ponieważ były wymierzone nie tylko w ks. Popiełuszkę i duchowieństwo, ale w całą opozycję antykomunistyczną. 9 grudnia 2021 r. Sąd Najwyższy, po rozpoznaniu kasacji, uchylił postanowienie Sądu Apelacyjnego w Warszawie i przekazał sprawę temu sądowi do ponownego rozpoznania w postępowaniu odwoławczym.