Został wybrany papieżem w 535 r. i natychmiast zajął się porządkowaniem spraw kościelnych

Agapit został wybrany papieżem w 535 r. i natychmiast zajął się porządkowaniem spraw kościelnych, m.in. wprowadzeniem zasady obieralności papieża (w miejsce dotychczasowej praktyki nominowania kolejnego papieża przez poprzednika). 

Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin. 


Podczas pobytu na dworze cesarskim w Konstantynopolu Agapit zmarł 22 kwietnia 536 r. Jego ciało przewieziono do Rzymu i pochowano w portyku bazyliki św. Piotra 20 września 536 r.