Już 13 maja 2005 r. ogłoszono decyzję nowego papieża, Benedykta XVI, by w przypadku Jana Pawła II odstąpić od wymaganego przez przepisy kościelne okresu 5 lat od śmierci danej osoby i rozpocząć jego proces beatyfikacyjny. Ogłoszenie dokumentu (wydanego przez Kongregację ds. Kanonizacyjnych już dzień po pogrzebie papieża Wojtyły) nastąpiło 13 maja podczas spotkania nowego papieża z duchowieństwem rzymskim w bazylice św. Jana na Lateranie. Decyzję Benedykta XVI przyjęto długotrwałą owacją. 2 kwietnia 2006. r, w tej samej bazylice, w obecności wikariusza generalnego Rzymu kard. Camillo Ruiniego, nastąpiło zamknięcie procesu beatyfikacyjnego na szczeblu diecezji rzymskiej, po czym przekazano całą dokumentację sprawy Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych.

Oficjalne rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego w diecezji rzymskiej miało miejsce 28 czerwca. Postulatorem sprawy został mianowany polski kapłan ks. Sławomir Oder, od kilkunastu lat pracujący w Wikariacie Rzymu. W związku z tym, że Sługa Boży Jan Paweł II kilkadziesiąt lat życia spędził w archidiecezji krakowskiej, proces rogatoryjny (czyli pomocniczy) wszczęto także tam – 4 listopada 205 r. w katedrze na Wawelu, pod przewodnictwem bp. Tadeusza Pieronka.

Ponieważ Karol Wojtyła spędził kilkadziesiąt lat życia w Krakowie, swoje świadectwa o nim złożyły pod przysięgą osoby, które go znały go jako studenta, następnie robotnika, kapłana i biskupa krakowskiego. Nieoficjalnie wiadomo, że podczas procesu rogatoryjnego przesłuchano ponad 100 świadków – głównie w Krakowie, a ponadto w Wadowicach, Warszawie i Lublinie. Zgodnie z przepisami prawa kanonizacyjnego pytania stawiane świadkom zadawane są według schematu, który jest dostosowany do danego procesu. Każdy świadek składał przysięgę zachowania w tajemnicy zdawanych im pytań i udzielanych odpowiedzi. Proces rogatoryjny zakończono 1 kwietnia 2006 r. Całą dokumentację złożoną głównie z przetłumaczonych na język włoski zeznań świadków, opieczętowano i wysłano do Watykanu.

Pytania stawiane świadkom w procesie beatyfikacyjnym dotyczą m. in. znajomości ze sługą Bożym i źródeł wiedzy o jego życiu. Świadkowie pytani byli także o motywacje, jakimi się kierują zeznając przed trybunałem. Później odpowiadali na szczegółowe zagadnienia dotyczące życia kandydata na ołtarze, począwszy od narodzin i chrztu, przez okres dorastania, wykształcenie, wybór stanu życia, cechy osobowości, aż po okoliczności jego śmierci. Członkowie trybunału interesują się także faktami ponadnaturalnymi związanymi z życiem sługi Bożego i szczególnymi darami i cnotami. Pytają także o to, czy w chwili śmierci kandydat na ołtarze cieszył się opinią świętości oraz o kult, jakim jest otaczany.