Sprawą ograniczania wolności religijnej w Indonezji zajmuje się w tych dniach oenzetowska Komisja Praw Człowieka. Analizuje ona na sesji od 8 do 26 lipca w Genewie alarmujące dane o wzrastaniu nietolerancji w tym azjatyckim kraju, a nawet wprost przypadkach prześladowań religijnych.
Wprawdzie indonezyjski minister ds. wyznań Suryadharma Ali uważa, że kraj ten respektuje swe pluralistyczne społeczeństwo i sześć uznanych tam oficjalnie wspólnot religijnych (obok islamu katolicyzm, protestantyzm, hinduizm, buddyzm i konfucjanizm). Przytacza rządowe dane, według których w latach 1997–2004 wzrosła tam liczba miejsc kultu, i to bardziej tych, które należą do innych religii, niż do będących większością w Indonezji muzułmanów (meczetów o 64 proc., kościołów katolickich o 152 proc., świątyń buddyjskich o 368 proc., a hindustycznych o 475 proc. Minister twierdzi, że media skoncentrowały się jedynie na odizolowanych przypadkach negatywnych.
Tymczasem nie są one takie rzadkie, jak wynika z danych organizacji niezależnych. Według „Wahid Institute”, indonezyjskiego ośrodka promocji pluralizmu religijnego, liczba przypadków nietolerancji religijnej w ostatnich latach wzrasta (w 2012 r. – 274 przypadki, w 2011 – 267, w 2010 – 184). Z kolei raport organizacji pozarządowej Human Rights Watch przypisuje rządowi Indonezji współudział w prześladowaniu mniejszości religijnych i wprowadzanie przepisów naruszających ich prawa.
Czołowy w indonezyjskim Kościele badacz dialogu i religii, ks. Franz Magnis-Suseno SJ, oskarżył w maju prezydenta Indonezji Susilo Bambanga Yudhoyono w liście otwartym do Appeal of Conscience Foundation w Nowym Jorku o odpowiedzialność za narastanie tam nietolerancji i przemocy wobec mniejszości religijnych. Przypomniał coraz większe trudności chrześcijan w uzyskiwaniu zezwoleń na otwarcie nowych miejsc kultu, jak też przymusowe zamykanie kościołów czy biurokratyczne zarządzenia utrudniające kult.