Przed tegorocznym konklawe, które wybrało papieża Franciszka, kardynał Telesphore Toppo mówił, że to silny wiarą Kościół lokalny „daje papieża”, tak jak było w przypadku Jana Pawła II z Polski i Benedykta XVI z Bawarii. Żeby zrozumieć papieża Franciszka, trzeba zrozumieć bogate doświadczenia Kościoła w Argentynie
Krytyka dyktatury
W okresie wielkich napięć społecznych w latach siedemdziesiątych zaczęła się fala zabójstw i zaginięć, w tym także duchownych, zwłaszcza pracujących wśród ubogich. Niektórzy związani byli z istniejącym w latach 1969-1976 i utożsamianym z teologią wyzwolenia Ruchem Kapłanów dla Trzeciego Świata, otwarcie wspieranym przez kilku argentyńskich biskupów. Księża ci, działający zazwyczaj na biednych przedmieściach i w dzielnicach robotniczych, oprócz duszpasterstwa zajmowali się także projektami rozwoju społecznego, a nawet uczestniczyli w demonstracjach antyrządowych. Opowiadali się też za uspołecznieniem środków produkcji, za co spotkała ich krytyka ze strony hierarchii. Gdy w 1969 roku poparli ruchy „rewolucji socjalistycznej” arcybiskup Juan Carlos Aramburu z Buenos Aires zabronił duchowieństwu wydawania oświadczeń w sprawach politycznych i społecznych.
Terror nasilił się w latach dyktatury wojskowej (1976-83), która utrzymywała w kraju stan wyjątkowy. Liczba zaginionych i zabitych zarówno przez wojsko jak i lewicowe bojówki wyniosła około 9 tysięcy (choć niektóre szacunku mówią nawet o 30 tysiącach). Wielu przeciwników władzy poddano torturom, zdarzały się nawet przypadki wyrzucania ludzi do morza z lecącego samolotu.
Zostało zamordowanych lub zginęło bez śladu 19 księży, 11 kleryków, 4 osoby konsekrowane i 5 świeckich pracowników kościelnych. W najprawdopodobniej sprowokowanym wypadku drogowym śmierć poniósł biskup Enrique Angelelli z diecezji La Rioja, który wiózł dokumenty związane z jednym z morderstw. W podobny sposób zginął biskup Carlos Ponce del Léon, który zajął się losem zaginionych. Ponadto 11 księży porwano i torturowano, a potem uwolniono, natomiast 22 było więzionych z motywów politycznych. Na szczeblu diecezjalnym toczy się proces beatyfikacyjny 5 pallotynów, w tym 3 księży i 2 seminarzystów, zastrzelonych w 1976 roku przez wojskowe szwadrony śmierci.
Już w 1977 roku Konferencja Episkopatu Argentyny skrytykowała rządy generałów, podkreślając, że opierają się one na „fałszywej koncepcji bezpieczeństwa, która prowadzi do stosowania psychicznych i fizycznych tortur oraz do gwałcenia wolności i ograniczania praw jednostek i społeczeństwa”. Upomniała się też o zaginionych obywateli. Podobnie zrobił kard. Juan Carlos Aramburu z Buenos Aires w słynnym kazaniu z 1 stycznia 1978 roku, w którym potępił dławienie swobód obywatelskich. W kwietniu w tym samym celu trzech przedstawicieli episkopatu odbyło rozmowę z rządzącym krajem generałem Jorge Videlą, przyjmując jednak jego punkt widzenia, iż nie należy tych zaginięć nagłaśniać. Jednocześnie wezwali go do zaradzenia ubóstwu sporej części społeczeństwa.
Ponownie biskupi zabrali głos w tych sprawach w 1981 roku w obszernym dokumencie „Kościół i wspólnota narodowa”. „Sytuacja zagrożenia może - w interesie dobra wspólnego - stwarzać konieczność stanu wyjątkowego. Nie usprawiedliwia to jednak wszystkich środków. Ani stan wyjątkowy, ani sytuacja wojny domowej, czy też wzgląd na skuteczność akcji wojskowej lub bezpieczeństwa nie usprawiedliwiają naruszania praw człowieka. Ponadto stanu wyjątkowego nie można przedłużać w nieskończoność, bowiem przestanie on być stanem wyjątkowym, nabierając form instytucjonalnych” - przestrzegł episkopat Argentyny.
Niektórzy biskupi jednak w obawie przed lewicowym terroryzmem i wprowadzaniem marksistowskich rozwiązań pod płaszczykiem zasad Ewangelii (jak pojmowali teologię wyzwolenia), popierali wojskową dyktaturę. Publicznie głosili, że w Argentynie panuje spokój i nie depcze się praw człowieka. Jeden z hierarchów odmówił przekazania do Watykanu listy zaginionych. Dlatego w 2000 r. konferencja episkopatu, jak mówiono - pod wpływem arcybiskupa Bergoglio, oficjalnie przeprosiła za milczenie, a nawet współudział „wielu synów” Kościoła w zbrodniach z czasów dyktatury. W 2012 r. biskupi wyrazili gotowość do wyjaśnienia swojej roli w tamtych wydarzeniach (zeznawał już między innymi obecny papież), a także zwrócili się do rodaków o poszukiwanie masowych grobów „zaginionych”.