Likwidację Funduszu Kościelnego zakładają projekty ustaw zgłoszone przez SLD i Ruch Palikota, które w środę negatywnie zaopiniowała sejmowa komisja administracji i spraw wewnętrznych.
Chodzi o projekty nowelizacji ustawy o przejęciu przez państwo tzw. dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego. Ich wnioskodawcy Marek Balt (SLD) i Sławomir Kopyciński (RP) podkreślali podczas posiedzenia komisji, że Fundusz nie ma podstaw do dalszego funkcjonowania, gdyż Kościół otrzymał już rekompensatę za utracone dobra.
Przedstawiciele rządu wyrazili sprzeciw wobec projektu. Przypomnieli, że obecnie trwają rozmowy z przedstawicielami Kościołów i związków wyznaniowych w sprawie finansowania. Dotyczą one rządowej propozycji ws. likwidacji Funduszu Kościelnego i wprowadzenia w zamian możliwości odpisu 0,3 proc. podatku dochodowego na rzecz Kościołów i związków wyznaniowych. Te miałyby samodzielnie płacić składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne duchownych.
W ocenie posłów PiS i SP projekty SLD i RP są nieuzasadnionym atakiem na Kościół.
W piątek planowane jest kolejne spotkanie zespołów konkordatowych: rządowego i kościelnego w sprawie propozycji dot. Funduszu. Sekretarz Episkopatu Polski bp Wojciech Polak podkreślił w środę, że proponowany przez rząd odpis podatkowy 0,3 proc. na rzecz Kościoła jest za niski. Strona kościelna proponuje, by wynosił on 1 proc.
Eksperci zespołów konkordatowych pracują obecnie m.in. nad treścią umowy pomiędzy stroną rządową i kościelną w sprawie Funduszu. Jeśli zostanie ona zaakceptowana przez zespoły, będzie wymagała jeszcze zgody rządu i Episkopatu Polski.
Fundusz Kościelny został powołany na mocy ustawy z 20 marca 1950 roku o przejęciu przez państwo dóbr martwej ręki, poręczeniu proboszczom posiadania gospodarstw rolnych i utworzeniu Funduszu Kościelnego. Ustawę, która nadal obowiązuje, podpisali: Bolesław Bierut i Józef Cyrankiewicz.
Fundusz powstał jako rekompensata za bezprawne zagarnięcie przez państwo dóbr kościelnych na rzecz Skarbu Państwa. Z Funduszu, finansowanego z budżetu państwa, pokrywane są ubezpieczenia duchownych, którzy nie mają umów o pracę, m.in. misjonarzy i zakonników zakonów kontemplacyjnych. Fundusz finansuje też działalność charytatywną, oświatowo-wychowawczą, remonty i konserwacje zabytków sakralnych oraz utrzymanie wydziałów teologicznych na wyższych uczelniach. Działa na rzecz wszystkich Kościołów i związków wyznaniowych.
W 2011 r. na Fundusz Kościelny rząd przekazał 89 mln zł.