Kościół popiera uczestnictwo Polski w UE, apelując o to by zjednoczona Europa nie zapominała o swym chrześcijańskim dziedzictwie.
U progu wejścia Polski do struktur zjednoczonej Europy polscy biskupi wydali (14 kwietnia 2004 r.) list pasterski z okazji przyjęcia Polski do UE. W ślad za Janem Pawłem II przypomniano, że „Kościół w Polsce może ofiarować jednoczącej się Europie żywą wiarę, natchniony religijnością obyczaj, pomoc i wysiłek duszpasterski biskupów i kapłanów”. Biskupi zwrócili też uwagę na kwestię tożsamości narodowej, przypominając iż „warunkiem zachowania naszej tożsamości i bogatej tradycji religijnej jest podjęcie nowego, zdecydowanego wysiłku dla pogłębienia własnej formacji religijnej oraz świadomości tego, co oznacza i do czego zobowiązuje bycie dzisiaj chrześcijaninem”.
Oświadczyli także, że „wspólnota europejska nie może w żadnym wypadku ograniczać się do wymiaru gospodarczego i politycznego, bowiem każda wspólnota – jeżeli ma być prawdziwa - musi mieć wymiar duchowy i musi być wspólnotą osobową ludzi pomiędzy sobą”. Ostrzegli zatem przed „postępującą laicyzacją” w Europie oraz jeszcze raz wysunęli postulał o dowołanie do Boga w przyszłym Traktacie Konstytucyjnym.
Przypomnieli też katalog „niezbywalnych” wartości do których należą: „godność osoby, świętość życia ludzkiego, centralna rola rodziny opartej na małżeństwie, jako trwałym związku mężczyzny i kobiety, waga wykształcenia, wolność myśli, słowa oraz głoszenia własnych poglądów i wyznawania religii, ochrony prawnej jednostek i grup, współpracy wszystkich na rzecz dobra wspólnego, pracy pojmowanej jako dobro osobiste i społeczne, władzy politycznej pojmowanej jako służba, podporządkowanej prawu i rozumowi, a ograniczonej przez prawa osoby i narodów”.
W równoczesnej wypowiedzi dla KAI, abp Józef Michalik sformułował te treści w sposób następujący”: „Okopywanie się jest obce mentalności Kościoła a wiary nie można zamknąć do zakrystii - Dzień wejścia Polski do Unii Europejskiej oznacza nową nadzieję i nowe wyzwanie. Szansą Polski po wejściu w struktury UE jest konieczność nowej mobilizacji. Będziemy iść naprzód razem z innymi, bo to ubogaca człowieka. Gdy padają granice, tworzy się szansa, by podkreślać swą tożsamość w nowy sposób, nie lufą karabinu skierowaną przeciwko komuś. Jeśli nowa sytuacja ma być twórcza, trzeba być czujnym. Roztropna uwaga, samokrytycyzm oraz zaufanie do Boga i ludzi będą tu najlepszymi przewodnikami”.
W kilka dni później, za zakończenie 327 zebrania plenarnego w dniu 1 maja 2004 w komunikacie z obrad biskupi ponownie wyrazili swe stanowisko „postulując potrzebę odwołania do Boga i uwzględnienia roli chrześcijaństwa w projekcie przyszłego Traktatu Konstytucyjnego”. W sprawie tej skierowano też specjalny list do Premiera Irlandii, który to kraj przewodniczy wówczas Unii Europejskiej.
12 maja 2004 prezydium KEP wystosowało do wiernych w Polsce oświadczenie, gdzie poruszone te same wątki: „Konferencja Episkopatu Polski z całym przekonaniem podziela jasne stanowisko Stolicy Apostolskiej, że odwołanie się do chrześcijańskiego dziedzictwa powinno być uwzględnione w Traktacie Konstytucyjnym, jako odpowiadające pragnieniom milionów chrześcijan członków Unii Europejskiej oraz zgodne z prawdą historyczną”.
16 czerwca 2004 Episkopat zaapelował do wiernych o udział w wyborach do Parlamentu Europejskiego. Przypomiano w nim, że integracja z Unią Europejską była od samego początku wspierana przez Jana Pawła II. Apelują nie tylko o udział w wyborach, ale także o wybór takich przedstawicieli narodu, którzy będą umieli działać dla „dobra Polski, Europy i Kościoła”.
W trzy dni później 19 czerwca propozycja preambuły zawierającej odniesienie do Boga została odrzucona przez Konwent. Już nazajutrz prezydium Episkopatu wydało na ten temat ostre oświadczenie, w którym wyraziło swe oburzenie. Działanie takie określono jako „zafałszowanie prawdy historycznej i świadome marginalizowanie chrześcijaństwa, które przez wieki było i jest nadal religią większości Europejczyków”.
Kolejnym krokiem świadczącym o dużym zainteresowaniu polskiego Episkopatu kwestiami integracji było utworzenie w listopadzie 2004 r. Zespołu ds. Unii Europejskiej, na którego czele postawiono bp. Piotra Jareckiego. Zaowocowało to utworzeniem w rok później Biura Europejskiego przy Sekretariacie Episkopatu, którego kierownictwo powierzono ks. Jarosławowi Mrówczyńskiemu.