Szczepienia są darmowe i dwudawkowe. Mają być dostępne dla wszystkich osób, które będą chciały się zaszczepić. Sam proces oparty będzie o wirtualne skierowanie (e-skierowanie), które ważne będzie przez 60 dni. Wygeneruje je system P1, czyli specjalna platforma, która będzie robiła to według ustalonego schematu dotyczącego kolejności szczepień dla wyznaczonych grup, np. wiekowych czy zawodowych. E-skierowanie będzie mógł wystawić także indywidualnie lekarz np. dla osoby, która nie posiada numeru PESEL lub tej, która z jakichś powodów nie skorzystała z automatycznie wygenerowanego skierowania.
Pierwszymi dawkami w szpitalach węzłowych (tzw. etap zero) zaszczepione będą osoby, które są najbardziej narażone na zakażenie, czyli pracownicy sektora ochrony zdrowia, pracownicy domów pomocy społecznej i pracownicy miejskich ośrodków pomocy społecznej, personel pomocniczy i administracyjny w placówkach medycznych, w tym stacjach sanitarno-epidemiologicznych. Następnie do szczepień przystąpią pensjonariusze domów pomocy społecznej, zakładów opiekuńczo-leczniczych, pielęgnacyjno-opiekuńczych i innych miejsc stacjonarnego pobytu, osoby powyżej 60 lat w kolejności od najstarszych, służby mundurowe, w tym Wojsko Polskie oraz nauczyciele.
Termin szczepienia będzie wyznaczany przez centralny system rejestracji, który będzie uwzględniał grafik punktów szczepień, które przystąpiły do programu. Osoby spoza priorytetowych grup, będą mogły rezerwować wizytę (e-Rejestracja) od 15 stycznia m.in. za pośrednictwem bezpłatnej infolinii 989, poprzez swoje Internetowe Konto Pacjenta (na stronie pacjent.gov.pl), poprzez elektroniczny formularz, który ma być dostępny na stronach związanych z resortem zdrowia lub u lekarza POZ, który prowadzi szczepienia. Nie będzie wymagane e-skierowanie, wystarczy podać dane osobowe. Po rejestracji pacjent otrzyma SMS z wiadomością o miejscu i terminie szczepienia. Będzie umawiany od razu na dwie wizyty, a przed drugą otrzyma przypomnienie SMS. Nie ma specjalnych zaleceń dotyczących przygotowania do szczepień.
Pacjent, po zgłoszeniu się do wyznaczonego punktu szczepień zostanie zbadany przez lekarza. Specjalista przeprowadzi z pacjentem wywiad na temat stanu jego zdrowia. Pacjent wypełni też ankietę. Szczegóły badania zostaną wpisane do dokumentacji medycznej. Jeśli lekarz uzna, że nie ma żadnych przeciwskazań, to pacjent zostanie zaszczepiony. Po szczepieniu będzie musiał odczekać 15-30 minut, by upewnić się, że nie wystąpiła żadna gwałtowana reakcja organizmu (np. wstrząs anafilaktyczny).
Szczepienia dostępne będą stacjonarnie w placówkach podstawowej opieki zdrowotnej (POZ) i ambulatoryjnej opiece specjalistycznej (AOS), u lekarzy, którzy mają prywatną praktykę, a zgłosili się do programu oraz w innych placówkach medycznych, jak również w centrach szczepiennych w szpitalach rezerwowych. Dla osób, które samodzielnie nie będą mogły dotrzeć do punktu szczepień dostępny będzie mobilny zespół szczepiący. Narodowy Program Zdrowia zakłada, że w każdej gminie dostępny będzie punkt szczepień.
Informacja o wykonanym szczepienia wprowadzona będzie do e-Kart Szczepień w systemie P1. Równocześnie pacjent dostanie zaświadczenie o szczepieniu, które da mu pewne udogodnienia np. zwolnienie z kwarantanny czy nie uwzględnianie go w określonym limicie osób dotyczącym spotkań. Dodatkowo otrzyma kod QR, który pozwoli szybko potwierdzić odbyte szczepienie.