O nich myślał papież, gdy mówił o wykorzystywaniu seksualnym zakonnic przez duchownych
W czasie lotu z Abu Zabi do Rzymu 5 lutego papież Franciszek odpowiedział na pytanie o wykorzystywanie seksualne zakonnic przez niektórych duchownych. Przyznał, że takie zjawisko istnieje i że „z tego powodu paru księży zostało usuniętych” z kapłaństwa, a nawet rozwiązano pewne żeńskie zgromadzenie zakonne.
Kryzysy
Do pierwszego kryzysu doszło w męskiej gałęzi Wspólnoty. Pojawiały się zarzuty o presję psychologiczną, zrywanie więzi z rodziną, brak opieki medycznej, metody formacyjne właściwe sektom, co przełożeni kategorycznie odrzucali. Jednak w 2000 r. bp Raymond Séguy, ówczesny ordynariusz Autun, pod którego władzą znajdował się instytut, wyraził zaniepokojenie zmęczeniem fizycznym i moralnym braci, wyczerpaniem, zachowaniami sprzecznymi z życiem chrześcijańskim i religijnym. Skłoniło to Stolicę Apostolską do mianowania trzech asystentów, którzy mieli doradzać i pomagać w kierowaniu Wspólnotą.
W 2009 r. doszło do kryzysu w żeńskiej gałęzi kontemplacyjnej Wspólnoty. Według samych sióstr, problemy dotyczyły zarządzania oraz różnic poglądów na temat powołania, co zakłócało ich jedność. Z tego powodu kard. Philippe Barbarin z Lyonu, któremu siostry podlegały, zwolnił z funkcji przeoryszy generalnej s. Alix Parmentier, która współpracowała z o. Philippe przy zakładaniu instytutu sióstr kontemplacyjnych i od 1982 r. nim kierowała. Po uzgodnieniu z watykańską Kongregacją ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego kard. Barbarin mianował nową przełożoną generalną. Decyzji tych nie zaakceptowała jednak część (ponad 30) sióstr, które postanowiły opuścić zgromadzenie.
W związku z tym kongregacja mianowała komisarza, którego władza jest taka jak przełożonej generalnej. Został nim bp Jean Bonfils z Nicei, którego zadaniem było przywrócenie zgromadzeniu jedności. Kongregacja nakazała też, aby cztery siostry z dawnej rady generalnej, w tym s. Alix, nie wywierały wpływu na resztę zgromadzenia.
Zdaniem bp. Bonfilsa, zgromadzenie sióstr kontemplacyjnych św. Jana przeżywało kryzys wzrostu, co jest typowe dla każdego zakonu, który po okresie fundacji musi przejść do fazy instytucjonalizacji. Tłumaczył, że s. Alix jest już w wieku, w którym powinna ustąpić ze stanowiska, tym bardziej, że Kodeks Prawa Kanonicznego przewiduje, że przełożeni nie powinni zbyt długo rządzić bez przerwy. Hierarcha podkreślał, że siostry powinny też uzgodnić między sobą, jaki jest charyzmat ich instytutu. Konieczne jest odnalezienie równowagi między czasem poświęcanym na modlitwę, studia biblijne i teologiczne, samotność, życie liturgiczne, wspólnotowe, pracę ręczną czy odpoczynek. Wspólnota św. Jana należała do najbardziej dynamicznie rozwijających się nowych gałęzi życia zakonnego. Wielokrotnie jednak rodzice młodych sióstr, czy też byłe zakonnice, które opuściły zgromadzenie, wskazywały na trudności: nadmierne obciążanie pracą najmłodszych sióstr czy problemy związane ze zdrowiem fizycznym i psychicznym.
W 2011 r. nowym komisarzem został bp Henri Brincard z Puy-en-Velay. Rok później siostry, które opuściły zgromadzenie, założyły w Kordowie w Hiszpanii Instytut Sióstr św. Jana i św. Dominika. Dołączyło do nich 70 nowicjuszek z dotychczasowej żeńskiej gałęzi kontemplacyjnej. Jednak w styczniu 2013 r. papież Benedykt XVI rozwiązał instytut. W 2014 r., w porozumieniu ze Stolicą Apostolską, bp Brincard zaproponował siostrom, które opuściły Wspólnotę św. Jana, by stworzyły stowarzyszenie wiernych, które w przyszłości stanie się wspólnotą zakonną, pod warunkiem wykluczenia z niego wspomnianych wcześniej czterech sióstr z rady generalnej. W sierpniu 2014 r. powstała w diecezji San Sebastian wspólnota Maria Stella Matutina (Maryi Gwiazdy Zarannej). W lutym 2016 r. zmarła s. Alix Parmentier.
