Na trzy dni przed wizytą Franciszka w Chile, rozpoczynającą się 15 stycznia, w Santiago doszło do gwałtownych zamieszek i protestów przeciw temu wydarzeniu. Między innymi manifestanci zajęli nuncjaturę apostolską, skąd po ponad pół godzinie usunęła ich policję, oraz obrzucono bombami domowej roboty cztery kościoły w różnych punktach stolicy. Protestowano przede wszystkim przeciw zbyt wysokim, według manifestantów, wydatkom związanym z wizytą papieża.
Siedzibę watykańskiego przedstawicielstwa dyplomatycznego, które będzie rezydencją Ojca Świętego przez cały czas jego pobytu w tym kraju, okupowała grupa członków stowarzyszenia Andha Chile, kierowanego przez byłą kandydatkę na urząd prezydencki Roxanę Mirandę. Organizacja ta ma charakter populistyczny, a znaczną część jej członków stanowią bezrobotni i bezdomni. Za ich działaniami stoją problemy nie polityczne czy religijne, ale finansowe.
„Tu, w Chile panuje bieda, pedofilia, zabójstwa i nikt nic nie ma, ale wydaje się miliony na osobistość religijną” – napisała Miranda na Twitterze. Zapowiedziała, że zajęcie nuncjatury to dopiero początek walki. Wrzuciła również do internetu filmik, pokazujący, jak funkcjonariusze sił bezpieczeństwa wchodzą do placówki watykańskiej, mimo oporu manifestantów. W 30 minut później w sieci pojawił się nowy film z informacją, że protestujący zostali zatrzymani i przesłuchiwani na posterunku policyjnym w stołecznej dzielnicy Providencia.
Według nie do końca potwierdzonych danych koszty związane z wizytą papieża wyniosły ok. 10 mln pesos (ok. 57,4 tys. zł), z czego 70 proc. wydzielił rząd, a resztę Kościół.
Równolegle do akcji w nuncjaturze w kilku miejscach Santiago doszło do podpaleń (lub usiłowania podpalenia) czterech kościołów. Trzy z nich zostały poważnie uszkodzone, przede wszystkim ich bramy wejściowe i frontony. Jeden zamach udało się udaremnić, gdy przed sanktuarium Chrystusa Ubogiego znaleziono butelkę z benzyną.
Kapłan, posługujący w jednej z zaatakowanych świątyń, powiedział w miejscowej rozgłośni, że widział przez okno grupę młodych ludzi, wykrzykujących obraźliwe słowa pod adresem Kościoła i ujadanie psa, a następnie zobaczył płomienie. Zaczął wówczas wraz z proboszczem i okolicznymi mieszkańcami gasić ogień, który jednak zdążył wyrządzić znaczne szkody.
Przedstawiciele archidiecezji stołecznej wyrazili „głęboki smutek i ból z powodu tych faktów, sprzecznych z duchem pokoju, towarzyszącym wizycie papieskiej”. Wezwali sprawców tych czynów do „zastanowienia się nad koniecznością przestrzegania szacunku i tolerancji przez wszystkich, aby budować ojczyznę braterską”.
Ustępująca prezydent kraju Michelle Bachelet ostro potępiła te akcje protestacyjne. Podkreśliła, że „rząd uczynił wszystko, co mógł, aby pomóc w zaplanowaniu i organizacji podróży papieskiej”. Wymieniła zwłaszcza wysiłki podjęte na rzecz zapewnienia bezpieczeństwa, ułatwienia dostępu do miejsc spotkań Franciszkiem i przemieszczania się wiernych. Zachęciła do przyjęcia Ojca Świętego „w klimacie szacunku” oraz do „przeżycia tej wizyty w duchu poszanowania, solidarności i radości”.
Ale akty agresji i podpaleń kościołów, głównie katolickich, nie są tylko „specjalnością” Santiago, gdyż w ciągu ostatniego ćwierćwiecza, szczególnie kilku ostatnich lat, zaatakowano bądź spalono w całym kraju ok. 36 miejsc kultu, łącznie z małymi kaplicami. Sprawcami większości tych czynów byli członkowie ludu Mapuczów – jednej z najliczniejszych tubylczych grup etnicznych w całej Ameryce Łacińskiej. W Chile mieszka ich ponad półtora miliona, co stanowi prawie 10 proc. miejscowej ludności. Od lat domagają się oni uznania swych praw i uczynienia z tego kraju państwa dwunarodowego, a także zwrotu ziem, zabranych im w ciągu przeszło pięciu wieków i znajdujących się obecnie najczęściej w rękach spółek ponadnarodowych lub zagranicznych właścicieli ziemskich.
Mimo że nie nastawieni szczególnie wrogo wobec Kościoła, który zresztą często występuje w ich obronie, to jednak aby nagłośnić i uwidocznić swe akcje protestacyjne, Mapucze zaczęli podpalać świątynie katolickie, częściowo też protestanckie. Ich działania terrorystyczne wzmogły się szczególnie u progu przyjazdu papieża, gdy oczy świata zwrócone są na Chile. W ten kontekst wpisują się też ostatnie wydarzenia w stolicy, łącznie z okupacją nuncjatury, chociaż bezpośrednimi ich sprawcami nie byli tym razem Mapucze.
Przedstawiciele Kościoła starają się wyciszać emocje, związane z ostatnimi wydarzeniami, tłumacząc, że akty wandalizmu „mają na celu zwrócenie uwagi na ich autorów”, ale nie są „żadnymi atakami terrorystycznymi”. Zapewniają, że „ludzie czekają z radością na papieża”, miejscowy Kościół nie jest zaniepokojony wynikiem wizyty, a od Franciszka oczekują „przesłanie spokoju i pokoju”.