Instytucja klauzuli sumienia wynika bezpośrednio z jednego z fundamentalnych praw człowieka - wolności sumienia.
Najpełniejszym, jak dotąd, wyrazem rozszerzającej interpretacji klauzuli sumienia było stanowisko Zespołu Ekspertów Konferencji Episkopatu Polski ds. Bioetycznych z 14 lutego 2014 r. Interpretację zawężającą obszernie wyraża stanowisko nr 4/2013 Komitetu Bioetyki przy Prezydium Polskiej Akademii z 12 listopada 2013 r.
Zasadnicze przedmioty kontrowersji dotyczących interpretacji klauzuli sumienia można wyliczyć następująco:
- czy klauzula sumienia jest prawem fundamentalnym, a odmowa jej zastosowania - wyjątkiem, czy też sama klauzula jest rozwiązaniem wyjątkowym;
- kogo powinna obejmować klauzula sumienia: jedynie lekarzy, pielęgniarki i położne, czy także farmaceutów;
- czy można powoływać się na klauzulę sumienia wyłącznie w odniesieniu do działań podejmowanych osobiście, czy też takich, w których działanie osoby powołującej się na klauzulę jest jednym z działań prowadzących do skutku sprzecznego z sumieniem;
- czy osoba korzystająca z klauzuli sumienia ma obowiązek wskazać inną, która dokona tego, czemu sprzeciwia się
- czy osoba sprzeciwiająca się określonym działaniom ma obowiązek dostarczyć informacje umożliwiające dokonanie tych działań przez kogoś innego;
- czy na klauzulę sumienia może powoływać się wyłącznie konkretna osoba, czy też może ona dotyczyć jednostki organizacyjnej, np. szpitala.
Wyjątek czy reguła
Ci, którzy chcą ograniczyć stosowanie klauzuli sumienia, powołują się na to, że w pluralistycznym społeczeństwie nie ma jednego, powszechnie obowiązującego głosu sumienia, a więc sprzeciw wynikający z indywidualnych poglądów trzeba traktować jako wyjątek. Przeciwne stanowisko wychodzi z założenia, że prawo do sprzeciwu sumienia wynika bezpośrednio z tego, że człowiek jest osobą posiadająca godność, czego wyrazem jest wolność przekonań i kierowania się nim - a zatem klauzula sumienia jest wyrazem zasadniczych praw i może być ograniczana tylko wyjątkowo.
Tylko lekarze i pielęgniarki czy także farmaceuci?
Przekonanie o wyjątkowym charakterze sprzeciwu sumienia skutkuje jego ograniczeniem do osób, które bezpośrednio biorą udział w leczeniu - a więc nie powinno być rozszerzane np. na farmaceutów. Jeśli uznamy, że klauzula wynika z natury człowieka - powinni się móc na nią powoływać także farmaceuci, np. nie godząc się na sprzedaż środków wczesnoporonnych.
Czy tylko działania podejmowane osobiście?
Zwolennicy interpretacji zawężającej chcą ograniczyć stosowanie do działań, które same w sobie budzą moralny sprzeciw, np. dokonanie aborcji. Ci, którzy uważają, że klauzula sumienia jest fundamentalnym prawem, chcą ją odnosić także do działań, które do niemożliwego do przyjęcia skutku prowadzą, np. skierowanie na badania prenatalne osoby, o której wiadomo, że potraktuje je jako wskazanie do aborcji.
Czy trzeba wskazać kogoś innego?
Ci, którzy chcą stosowanie klauzuli sumienia ograniczyć, uważają, że np. lekarz, który na tę klauzulę się powołuje, ma obowiązek wskazać innego, który dokona tego, czego on sam zrobić nie zamierza. Zwolennicy szerokiego stosowania klauzuli sumienia są zdania, że takie jej rozumienie w istocie ją unicestwia, skoro nakłada np. na sprzeciwiającego się aborcji lekarza obowiązek zapewnienia jej dokonania przez kogoś innego.