Jesienią 1940 r. Niemcy stłoczyli Żydów na obszarze warszawskiego getta, tworząc największą zamkniętą dzielnicą żydowską w okupowanej Europie. W lipcu 1942 r. rozpoczęli jego likwidację, wywożąc do obozu zagłady w Treblince ponad 250 tys. mieszkańców getta.
22 lipca 1942 r. w warszawskim getcie rozpoczęła się tzw. wielka akcja likwidacyjna.
Była ona częścią operacji o kryptonimie "Reinhard", która, zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami RSHA (Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy), zakładała fizyczną likwidację Żydów.
Akcję wysiedleńczą przeprowadzały obok SS, jednostki pomocnicze złożone z Litwinów, Ukraińców i Łotyszy.
Ważną rolę w akcji wysiedlania, odegrała Żydowska Służba Porządkowa, która jako bezpośredni wykonawca niemieckich poleceń stała się obiektem powszechnej nienawiści w getcie. Ostatecznie większość żydowskich policjantów podzieliła los pozostałych mieszkańców getta.
W czasie Wielkiej Akcji wysiedleńczej w warszawskim getcie ok. 254 tys. Żydów wywieziono do obozu zagłady w Treblince, ponad 11 tys. do bliżej nieokreślonych obozów pracy, a ponad 10 tys. zmarło lub zostało zastrzelonych w getcie.
Podczas trwania deportacji około 8 tys. Żydów uciekło na tzw. aryjską stronę. W getcie legalnie pozostało 35 tys. osób, a ok. 25 tys. żyło w ukryciu.
Gdy 19 kwietnia 1943 r. Niemcy przystąpili do ostatecznej likwidacji getta żydowscy bojownicy z ŻOB i ŻZW stawili im zbrojny opór.
Przez blisko miesiąc warszawskie getto prowadziło bój z wojskami niemieckimi. Najcięższe walki toczyły się w rejonie ul. Zamenhoffa i Nalewek oraz na pl. Muranowskim. Niemcy systematycznie posuwali się w głąb getta. Paląc i niszcząc dom po domu zmuszali ludność cywilną do opuszczania bunkrów i schronów.
8 maja Niemcy odkryli i otoczyli ogromny schron przy ul. Miłej 18, w którym znajdowało się kilkuset ludzi, w tym sztab ŻOB i ponad 100 żydowskich bojowników. Na wezwanie Niemców cywile wyszli, natomiast większość powstańców razem z dowódcą Mordechajem Anielewiczem popełniła samobójstwo.
Powstanie, pomimo apeli rządu polskiego w Londynie, nie wywołało żadnych reakcji aliantów. W proteście przeciwko obojętności świata wobec tragedii narodu żydowskiego, 12 maja 1943 r. członek Rady Narodowej RP w Londynie Szmul Zygielbojm popełnił samobójstwo.
Powstańcy w małych, rozproszonych grupach walczyli do 16 maja 1943 r. Tego dnia dowodzący akcją gen. Juergen Stroop ogłosił koniec pacyfikacji i na znak zwycięstwa rozkazał wysadzić w powietrze Wielką Synagogę na Tłomackiem.
W raporcie sporządzonym na temat likwidacji warszawskiego getta Stroop pisał: "Stawiany przez bandytów opór mógł zostać złamany tylko przez energiczną i niezmordowaną, trwającą dzień i noc akcję bojową oddziałów szturmowych. Dnia 23 kwietnia 1943 r. Reichsfuehrer SS za pośrednictwem wyższego dowódcy SS i policji +Wschód+ w Krakowie wydał rozkaz przeszukania z największą bezwzględnością i nieubłaganą surowością getta warszawskiego. Dlatego też zdecydowałem się teraz na całkowite zniszczenie żydowskiej dzielnicy mieszkaniowej przez spalenie wszystkich bloków mieszkalnych, łącznie z blokami przy zakładach zbrojeniowych. (...) ostrzeżono ludność aryjską, że ten, kto świadomie udzieli schronienia Żydowi, a w szczególności poza żydowską dzielnicą mieszkaniową da pomieszczenie, wyżywienie lub ukryje Żyda, będzie ukarany śmiercią".
Getto warszawskie zostało zrównane z ziemią. Według raportów gen. Stroopa od 20 kwietnia do 16 maja 1943 r. w wykrytych i zlikwidowanych bunkrach znajdowało się ponad 56 tys. Żydów. Około 6 tys. zginęło na miejscu w walce, na skutek pożarów czy zaczadzenia. 7 tys. Żydów naziści zamordowali na terenie getta, tyle samo wysłano do Treblinki. Pozostała grupa ok. 36 tys. została wysłana do innych obozów, przede wszystkim do KL Auschwitz i Majdanka.