W ciągu 63 dni Powstania Warszawskiego kapelani wojskowi byli stale przy walczących, odprawiali Msze, organizowali wspólne modlitwy, spowiadali i odprowadzali zmarłych w ostatniej drodze, wreszcie sami ginęli. 1 sierpnia przypada 75. rocznica wybuchu Powstania Warszawskiego.
1 sierpnia miał zajęcia z socjologii i po prostu nie zdążył wrócić. Na początku był w Śródmieściu na ul. Hożej, potem sprawował posługę na Koszykach. Po jakimś czasie okazało się, że na Czerniakowie brakuje kapelanów i szef duszpasterstwa Powstania warszawskiego, ks. Stefan Kowalczyk ps. "Biblia" wysłał go właśnie tam. Ks. Józef w pełni zaangażował się w pracę wśród żołnierzy, chociaż wcześniej nie należał do struktur konspiracyjnego duszpasterstwa. Nie rozstawał się ze stułą ani z sutanną, otwarcie pokazując, że jest osobą duchowną. I to rozwścieczyło Niemców, którzy "wyłowili" go z szeregu.
To było w końcu września, kiedy powstanie na Czerniakowie już padło. Oprawcy, którzy wpadli na Czerniaków nie mogli znieść zachowania ks. Stanka. Jak zaznacza dr Mazur, znamy relacje bezpośrednich świadków tamtych chwil. Jeden z esesmanów krzyczał do księdza: jesteś najgorszy ze wszystkich, już wolę Polaków i Żydów, jesteś diabłem.
Ks. Stanek, który znał niemiecki, próbował negocjować z esesmanami, żeby zachowywali się godnie wobec ludności cywilnej. Trafił jednak na najgorszych oprawców Powstania czyli esesmanów z oddziałów Oskara Dirlewangera.
Najpierw został brutalnie pobity w obecności grupy zatrzymanych cywili a następnie powieszony na stule... Świadkiem jego śmierci był ks. mjr Józef Warszawski ps. "Paweł", który stał w mundurze wojskowym. Opisał później to zdarzenie i, jak wyznaje, zastanawiał się, dlaczego ominął go podobny los. Niemcy wiedzieli, że jest księdzem, no ale nie "kłuł" ich w oczy sutanną... "Paweł" był zresztą znakomitym kapelanem w "Zośce" i "Parasolu", niósł otuchę walczącym harcerzom, wspomina o nim Kamiński w "Kamieniach na szaniec". Zmarł w 1997 r.
Nie bójcie się śmierci...
Dr Mazur mówi, że kapelani starali się tłumaczyć powstańcom, że śmierć nie jest końcem. Bardzo powszechne było zbiorowe rozgrzeszenie "in articulo mortis" czyli "w obliczu śmierci", udzielane po spowiedzi powszechnej. Czyli: jeśli nie przeżyjesz to masz odpuszczenie grzechów, a jeśli powrócisz po walce, to przed przyjęciem komunii św. musisz się z nich wyspowiadać. Bardzo rygorystycznie przestrzegano też zasady, że duszpasterz ma pozostać duszpasterzem i nie może biegać z bronią. On jest od tego, by pilnować spraw duchowych.
Na jednym z filmów zrealizowanych przez Muzeum Powstania Warszawskiego jest scena z Mszy św. odprawianej przez bp. Stanisława Adamskiego – biskupa katowickiego, który został stamtąd wysiedlony bo nie podpisał volkslisty i w czasie okupacji przebywał w Warszawie. Na podstawie ruchu jego udało się odtworzyć fragmenty kazania, prawdopodobnie z 15 sierpnia, wielkiego święta Maryjnego, kiedy to, podobnie jak 26 sierpnia powstańcy masowo uczestniczyli w mszach i spowiadali się.
Wlewanie otuchy i ukazywanie powstańczego "tu i teraz" w perspektywie metafizycznej było lejtmotywem warszawskiej homiletyki tamtych dni. Starano się, relacjonuje dr Mazur, odnaleźć i ukazać jakiś sens tego, co wokół się dzieje; że to, co nas tu spotyka jest częścią jakiegoś Bożego planu i że śmierć nie jest końcem. Powtarzano: nie bójcie się śmierci, bo w kontekście chrześcijańskim śmierć jest początkiem. Ten motyw widać także w różnych relacjach powstańczych, a zatem to do walczących docierało.