W ciągu 63 dni Powstania Warszawskiego kapelani wojskowi byli stale przy walczących, odprawiali Msze, organizowali wspólne modlitwy, spowiadali i odprowadzali zmarłych w ostatniej drodze, wreszcie sami ginęli. 1 sierpnia przypada 75. rocznica wybuchu Powstania Warszawskiego.
Powstanie zastało księdza Jachimowskiego na Elektoralnej. 7 sierpnia w ten rejon wkroczyli Niemcy i aresztowali go wraz grupą cywilów. Wraz innymi zostali poprowadzeni przez Wolę. Następnego dnia jeden z esesmanów, prawdopodobnie z oddziałów Dirlewangera, zobaczył sutannę, czego nie mógł znieść... Wyciągnął go z kolumny cywilów i zastrzelił przy wszystkich.
Dziekanem obszaru stolicy był ks. Stefan Kowalczyk (ps. Biblia), który po rozstrzelaniu ks. Jachimowskiego przejął faktycznie obowiązki szefa Duszpasterstwa AK, zbudował podziemną kurię polową i dokooptował kapelanów tam, gdzie ich zabrakło. Po kapitulacji wraz z żołnierzami poszedł do niewoli. Najbardziej znanymi kapelanami Powstania byli: ks. Zygmunt Trószyński, ps. "Alkazar", o. Józef Warszawski SJ, ps. "Ojciec Paweł", ks. mjr Władysław Zbłowski SAC, ps. "Struś" czy o. Tomasz Rostworowski SJ, ps. "Ojciec Tomasz".
To ks. Kowalczyk na polecenie przełożonego zwołał 1 sierpnia 1944 roku na godzinę 11.00 ostatnią odprawę kapelanów. Do budynku przy ul. Długiej przybyło 14 księży. Odprawa została zwołana za późno, gdyż walki wybuchły o godz. 17 i nie wszyscy zdążyli dotrzeć na powierzone im placówki. Element improwizacji stale towarzyszył posłudze duchownych w walczącym mieście, dlatego stuletni dziś ks. prałat Wacław Karłowicz, ostatni z żyjących kapelanów, mówi o bałaganie. Mimo wszystkich trudności, ks. Kowalczykowi udało się wysyłać księży wszędzie tam, gdzie prosili o to dowódcy.
"Już po paru dniach mój szef «Biblia» miał swą kwaterę przy ulicy Marszałkowskiej, potem chyba na Pięknej, Koszykowej. Ale kontakt z podwładnymi utrzymywał żywy, żądał stałych sprawozdań, zatwierdzenia każdej sprawy duszpasterskiej, dyspensy, ślubów. A kiedy ludność cywilna i niektórzy księża zaczęli opuszczać Warszawę, czuwał, by żadna formacja, a łącznie z tym i dzielnica, nie była pozbawiona opieki duszpasterskiej" - pisał po latach ks. Mieczysław Paszkiewicz.
Między godziną "W" a kapitulacją
Kapelani wojskowi stanowili integralną część struktury Armii Krajowej. Każdy Okręg AK miał kapelana, który odpowiadał za zorganizowanie opieki duchowej dla poszczególnych jednostek. W 1944 r. prawie każdy oddział partyzancki AK miał swojego kapelana. I tak kapelanem obwodu I -Śródmieście był o. Jan Wojciechowski SJ, ps. "Korab", kapelanem na Woli był odważny pallotyn - ks. mjr Władysław Zbłowski, ps. "Struś", a na Żoliborzu proboszcz na Marymoncie ks. Zygmunt Trószyński, ps. "Alkazar".