Podczas prac odkryto pozostałości malowideł na stropie oraz zapomniane katakumby kryjące trumny, o czym informowaliśmy już na łamach GN. Teraz trwają tam prace renowacyjne. Front robót w kryptach jest niesłychanie szeroki: oczyszczane są ściany, aby ukazać wątki murarki, która częściowo jest jeszcze średniowieczna, cały czas pracuje maszyneria usuwająca zawilgocenia murów i fundamentów, na ogromną skalę układane są instalacje. Wszystko trzeba zrobić teraz, nawet z pewnym zapasem, bo prace przy instalacjach w obiektach zabytkowych często źle się kończą. Malowidła na stropie pijarskiej krypty zostały znacząco uszkodzone właśnie podczas układania kabli w latach 80.

Po ukończeniu remontu tzw. dolny kościół raczej nie będzie pełnił funkcji kultowych. Inwestorzy przewidują utrzymanie statusu centrum kultury, jaki "Krypta u Pijarów" z galerią sztuki, wystawami, występami muzycznymi czy teatralnymi miała przez ostatnich lat kilkanaście. Dlatego wielką inwestycją jest wentylacja, która pozwoli zachować czyste powietrze, zapobiegnie ponownemu zawilgoceniu murów i malowideł na stropie i ścianach, które po odkryciu na początku remontu będą poddane konserwacji.

Na obecnym etapie jednak najważniejsze i najciekawsze prace wykonywane są... na schodach. Krypta od 1733 roku była kaplicą z ołtarzem "Więzienia Chrystusa". Z ołtarza nic nie zostało, jedynym oryginalnym elementem są ogromne jak na skalę pomieszczenia dwubiegowe schody ze sporą wnęką. Ówcześnie wnęka wyłożona była sztukaterią naśladującą skały (zachowało się zdjęcie) i w okresie Wielkiej Nocy urządzano tam Grób Pański, co zresztą pozostało do dziś. Schody naśladują tzw. scala sancta (święte schody) po których w Jerozolimie Chrystus szedł na sąd Piłata. Prawa część schodów wykonana jest z marmuru i to od niej zaczęto remont. Wiadomo było z przekazów, że wierni wchodzili po nich na kolanach, co nakazywał instrukcja na specjalnej plakiecie obok schodów. Poszukiwania archiwalne i tekst na plakiecie wskazywały, że w stopniach były relikwie, jednak wygląd schodów nie wskazywał na to. Po odkuciu tynków odnaleziono zamurowane niewielkie otwory! Znajdują się w nich do dziś relikwie świętych (nie wiadomo na razie kogo) i być może fragmenty relikwii Krzyża Świętego. Otwory-relikwiarze noszą ślady napraw, niekiedy dość współczesne (zaprawa cementowa). Jak twierdzą konserwatorzy praktyką epoki było, że relikwie składano w takich wnękach w metalowych kasetkach i były opisywane na wstęgach pergaminu, którymi opasywano pudełka. Być może po otwarciu zamurowanych otworów dowiemy się czegoś więcej.

Kiedy i jak się to odbędzie, jak badane będą relikwie i co się z nimi stanie później na razie nie wiadomo. Konserwatorzy zastanawiają się jak przechować, badać i konserwować (mówi się o komorze z kontrolowaną atmosferą w której miałyby być przetrzymywane i badane), a ojcowie pijarzy muszą wypracować jakieś stanowisko z religijnego i teologicznego punktu wyjścia, choć chcieliby, aby powróciły na swoje miejsce. Póki co marmur stopni oczyszczono, podobnie jak ozdobne poręcze, to samo robi się przy schodach z lewej strony, we wszystkich właściwie pomieszczeniach trwają jednocześnie roboty ogólnobudowlane (schody, wylewki, instalacje) i wygląda na to, że wykonawcy wyrobią się w zaplanowanym terminie.