Od maja do października 1917 roku - gdy toczyła się pierwsza wojna światowa, kiedy w Portugalii sprawował rządy ostro antykościelny reżim, a w Rosji zaczynała szaleć rewolucja - na obrzeżach miasteczka Fatima, w miejscu zwanym Cova da Iria, Matka Boża ukazywała się trojgu wiejskim dzieciom nie umiejącym jeszcze czytać. Byli to Łucja dos Santos (10 lat), Hiacynta Marto (7 lat) i Franciszek Marto (9 lat). Łucja była cioteczną siostrą rodzeństwa Marto. Pochodzili z podfatimskiej wioski Aljustrel, której mieszkańcy trudnili się hodowlą owiec i uprawą winorośli.
Trzecia tajemnica
Trzecią, ukrywaną na życzenie samej Matki Bożej część tajemnicy, siostra Łucja spisała po latach, na żądanie swojego ordynariusza, biskupa Jose da Silva 3 stycznia 1944 r. Powiadomiła biskupa, że tekst został zredagowany i jest do jego dyspozycji w zalakowanej kopercie, z adnotacją, że może ona zostać otwarta dopiero w 1960 r. Od 1957 r. koperta znajdowała się w Tajnym Archiwum Świętego Oficjum.
Otwarcia zalakowanej koperty dokonał Jan XXIII w sierpniu 1959 r., dziesięć miesięcy po wyborze na papieża. Otworzył ją w obecności kard. Alfredo Ottavianiego, prefekta Kongregacji Świętego Oficjum. Nie będąc pewny, czy obaj rozumieją dokładnie wszystkie niuanse portugalskiego tekstu, zażądał sporządzenia jego profesjonalnego tłumaczenia. Po zapoznaniu się z nim zadecydował, że treść tajemnicy nie powinna być jeszcze ujawniona. Jednak 13 grudnia 1962 r., ustanowił święto Fatimskiej Matki Bożej Różańcowej. O fatimskim orędziu wyrażał się, że jest ono „największą nadzieją świata na pokój”.
W 1963 r. rozpoczął się pontyfikat Pawła VI, który – po przeczytaniu pełnej treści objawień fatimskich - postanowił ich nie ujawniać, ale udać się do Fatimy osobiście. Jako pierwszy papież przybył tam z jednodniową, prywatną pielgrzymką, podczas przypadającej wówczas 50. rocznicy objawień.
Dopiero w czerwcu 2000 r. w ramach Wielkiego Jubileuszu chrześcijaństwa, Jan Paweł II, po 56 latach od spisania przez siostrę Łucję, ujawnił trzecią tajemnicę fatimską. Zrobił to w jego imieniu kard. Joseph Ratzinger, sprawujący wówczas urząd prefekta Kongregacji Nauki Wiary, w trakcie konferencji prasowej 26 czerwca 2000 roku w watykańskiej Sala Stampa. Jej tekst brzmi:
"Po dwóch częściach, które już przedstawiłam, zobaczyliśmy po lewej stronie Naszej pani nieco wyżej Anioła trzymającego w lewej ręce ognisty miecz; iskrząc się, wyrzucał języki ognia, które zdawało się, że podpalą świat; ale gasły one w zetknięciu z blaskiem, jaki promieniował z prawej ręki Naszej Pani w jego kierunku; Anioł wskazując prawą ręką ziemię, powiedział mocnym głosem: Pokuta, Pokuta, Pokuta!
I zobaczyliśmy, w nieogarnionym świetle, którym jest Bóg: (coś podobnego do tego, jak widzi się osoby w zwierciadle, kiedy przechodzą przed nim) Biskupa odzianego w biel (mieliśmy przeczucie, że to jest Ojciec Święty). Wielu innych biskupów, kapłanów, zakonników i zakonnic wchodzących na stromą górę, na której szczycie znajdował się wielki Krzyż zbity z nieociosanych belek, jak gdyby z drzewa korkowego pokrytego korą; Ojciec Święty, zanim tam dotarł, przeszedł przez wielkie miasto w połowie zrujnowane i na poły drżący, chwiejnym krokiem, udręczony bólem i cierpieniem, szedł, modląc się za dusze martwych ludzi, których ciała napotykał na swojej drodze; doszedłszy do szczytu góry, klęcząc u stóp wielkiego Krzyża, został zabity przez grupę żołnierzy, którzy kilka razy ugodzili go pociskami z broni palnej i strzałami z łuku i w ten sam sposób zginęli jeden po drugim inni biskupi, kapłani, zakonnicy i zakonnice oraz wiele osób świeckich, mężczyzn i kobiet różnych klas i pozycji. Pod dwoma ramionami Krzyża były dwa Anioły, każdy trzymający w ręku konewkę z kryształu, do których zbierali krew Męczenników i nią skrapiali dusze zbliżające się do Boga”.
Kard. Ratzinger wyjaśniał, że opublikowany tekst ma charakter proroczej wizji. „Anioł z ognistym mieczem stojący po lewej stronie Matki Bożej przypomina podobne obrazy z Apokalipsy. Przedstawia groźbę sądu, wiszącą nad światem. Myśl, że świat może spłonąć w morzu ognia, nie jawi się już bynajmniej jako wytwór fantazji: człowiek sam przez swe wynalazki zgotował na siebie ognisty miecz”.
Prefekt kongregacji zaznaczał, że tej niszczącej sile zła może się przeciwstawić tylko Matka Boża z ludźmi, którzy przyjmują jej wezwanie do pokuty i nawrócenia. Dodał, że w ten sposób „zostaje podkreślone znaczenie wolności człowieka, gdyż przyszłość nie jest bynajmniej nieodwołalnie przesądzona”.
Prorocza wizja trzeciej tajemnicy fatimskiej – jego zdaniem - w symboliczny sposób mówi o wielkich prześladowaniach, cierpieniach i męczeństwie wielu wyznawców Chrystusa, wśród których są również kapłani, biskupi oraz papieże dwudziestego wieku. Wielkie zniszczenia i prześladowania są spowodowane przez ludzi zniewolonych przez ateistyczne ideologie walczące z Bogiem, a w sposób szczególny przez komunizm.
Trzecia tajemnica fatimska – jak podkreślił - jest dramatycznym ostrzeżeniem przed ateizmem, ponieważ największym zagrożeniem dla ludzkości jest odrzucenie Boga i Jego praw, zarówno przez ateizm w wydaniu komunistycznym jak i przez ateizm ukryty w tej najbardziej rozpowszechnionej mentalności życia takiego, jakby Bóg nie istniał.
Jednocześnie kard. Ratzigner odniósł pośrednio tę wizję do zamachu na Jana Pawła II z 1981 r. Wyjaśniał, że papież „tamtego dnia znalazł się bardzo blisko granicy śmierci”, a jego ocalenie „jest jeszcze jednym dowodem na to, że nie istnieje nieodwołalne przeznaczenie, że wiara i modlitwa to potężne siły, które mogą oddziaływać na historię”.
A jako Benedykt XVI, po pięciu latach swojego pontyfikatu, Joseph Ratzinger przybył do Fatimy 13 maja 2010 r. „Łudziłby się ten, kto sądziłby, że prorocka misja Fatimy została zakończona” - mówił. A nawiązując do zbliżającego się jubileuszu objawień w 2017 r., prosił: „Oby te lata, które dzielą nas od stulecia Objawień, przyspieszyło zapowiadany triumf Niepokalanego Serca Maryi ku chwale Trójcy Przenajświętszej”.