Urodził się w rodzinie szlacheckiej w Hiszpanii. Święcenia kapłańskie przyjął w 1583 roku, następnie podjął pracę duszpasterską oraz w administracji kościelnej.
W kilka lat później znalazł się w Rzymie, gdzie głęboko poruszyła go wielkomiejska nędza, zwłaszcza zaniedbanych i bezdomnych dzieci. Z myślą o nich w rzymskiej dzielnicy Zatybrze otworzył pierwszą powszechną, bezpłatną szkołę w Europie.
Mówi o. Stanisław Tasiemski, dominikanin.
W 1748 roku papież Benedykt XIV wyniósł Józefa do chwały błogosławionych, a papież Klemens XIII w 1767 roku wpisał go uroczyście do katalogu świętych. W 1948 roku w 300-lecie śmierci św. Józefa Kalasancjusza papież Pius XII ogłosił go patronem wszystkich katolickich szkół podstawowych.
W ikonografii Święty przedstawiany jest w habicie zgromadzenia. Jego atrybutami są: lilia, księga, mitra i kapelusz kardynalski jako znak odmówionych godności, pióro pisarskie.