Na przełomie tysiącleci kierował on międzynarodowym Projektem Poznania Ludzkiego Genomu, od 9 lat stoi na czele Narodowych Instytutów Zdrowia w Stanach Zjednoczonych. Napisał szereg książek popularyzujących. Szczególne uznanie zyskały jego osobiste zwierzenia, w których opisuje, w jaki sposób z naukowca ateisty stał się najpierw agnostykiem, a następnie chrześcijaninem. Książka ta ukazała się również w Polsce pod tytułem: „Język Boga. Kod życia - nauka potwierdza wiarę”.

Francis Collins jest wielkim orędownikiem dialogu nauki i wiary. Za przykładem innych chrześcijańskich naukowców twierdzi, że Bóg przekazał człowiekowi dwie księgi: Biblię i stworzenie. Nauka pozwala nam poznać wspaniałość dzieła Stwórcy, który odznacza się niewiarygodną inteligencją, jest doskonałym fizykiem i matematykiem, ale i pedagogiem, pozostawił nam bowiem ślady, które pokazują nam, jak poznawać naturę.
To właśnie promowanie dialogu wiary i nauki zadecydowało o przyznaniu Francisowi Collinsowi Nagrody Templetona. Amerykański lekarz i genetyk zauważa, że jednym z najlepszych miejsc do praktykowania tego dialogu jest Papieska Akademia Nauk, której od 2009 r. jest członkiem. Jednakże do takiego dialogu, do szczerych dociekań na temat Boga i natury jest wezwany każdy z nas - mówi Francis Collins.
 
„Czyż istnieje ważniejsze pytanie, z którym powinniśmy się zmierzyć podczas naszego jakże krótkiego pobytu na tej planecie, niż to: jeśli istnieje Bóg to czy się o nas troszczy? Wystrzegałem się tego pytania przez 25 lat mojego życia, ale nie byłem z tego zadowolony. Nie wiedziałem, na czym się oprzeć w poszukiwaniu odpowiedzi, myślałem, że i tak nigdy ich nie znajdę, więc lepiej nie tracić czasu i zająć się czymś innym. W pewnym momencie moje oczy się jednak otworzyły na to, że istnieje możliwość poważnego zgłębiania tego pytania i że prowadzi to do ciekawych wniosków na temat nas samych i Boga. Były to na pewno najważniejsze dociekania w moim życiu - powiedział Radiu Watykańskiemu Francis Collins. -Badałem ludzki genom, prowadziłem badania nad nowotworami, anemią sierpowatą, chorobą serca i wieloma innymi. Ale najważniejsze badania w moim życiu dotyczyły tego osobistego pytania: czy Bóg istnieje i o mnie się troszczy? I odkryłem, że odpowiedź na to pytanie jest pozytywna. Dlatego zachęcam wszystkich, którzy nie mieli czasu zajmować się tym pytaniem, by to zrobili. Niech zaczną od Ewangelii św. Jana. A jeśli potrzebują dodatkowych, uaktualnionych informacji, jak ludzie, którzy wierzą w naukę, mogą też na poważnie traktować wiarę, niech zajrzą na stronę internetową Biologos albo do mojej skromnej książki, by zobaczyć, jak wyglądała moja droga i czy ich to przekonuje.“