Powstała prawdopodobnie krótko po soborze nicejskim, niedaleko miejsca soborowych obrad.
Prawdopodobnym patronem bazyliki, której ruiny odkryto 6 lat temu w zachodniej Turcji, na dnie jeziora w mieście Iznik (dawna,starożytna Nicea), kilkanaście metrów od brzegu, był 16-letni męczennik, św. Neophytos. Młody chrześcijanin zginął w 303 r., w czasie prześladowań za panowania Dioklecjana. Oprawcy zawiesili chłopaka na drzewie, biczowali i rozrywali jego ciało żelaznymi hakami, po czym wrzucili do ognia. Według średniowiecznych przedstawień Neophytosa do męczeństwa doszło nad brzegiem jeziora, dlatego przypuszcza się, że wybudowana w stylu bizantyjskim bazylika powstała na miejscu jego śmierci.
Jest również alternatywna hipoteza, wedle której zatopionemu kościołowi patronował św. Piotr. O lokalizacji w tej okolicy kościoła pod tym wezwaniem wspominają niektóre źródła.
Bazylikę, a raczej ruiny jej fundamentów zalanych wodami jeziora Iznik odkryto dzięki wykorzystaniu zdjęć lotniczych. Było to jedno z największych odkryć archeologicznych 2014 r. Świątynia powstała w IV w., prawdopodobnie jej budowę rozpoczęto krótko po zorganizowanym z pobliskiej Nicei soborze z 325 r., znanym m.in. z opracowania wyznania wiary i potępienia arianizmu.
Bazylika została zniszczona na skutek trzęsienia ziemi, które nawiedziło ten region w VIII w. Prawdopodobnie wtedy wody jeziora zalały ten teren. Pod wodą znajdują się też ruiny pałacu Konstantyna, w którym odbywał się sobór nicejski.
Przez kilkanaście miesięcy archeolodzy i nurkowie oczyszczali znajdujące się 2 metry pod taflą jeziora ruiny z zalegającego w nich piasku.
İznik Gölü içindeki Bazilika ile İnciraltı Mevkiiwt