Ostatnie miesiące pontyfikatu Jana Pawła II zimą 2005 roku miały bardzo dramatyczny przebieg w rezultacie pojawienia się ciężkich objawów choroby Parkinsona, na którą cierpiał przez około 10 lat.

31 stycznia 2005 roku watykańskie biuro prasowe poinformowało o odwołaniu papieskich audiencji i spotkań z powodu "objawów grypowych", stwierdzonych u papieża dzień po tym, gdy w mroźne południe przemawiał do wiernych stojąc w otwartym oknie.

To właśnie ten komunikat rozpoczął ostatni etap pontyfikatu papieża, naznaczony przez coraz bardziej alarmistyczne informacje napływające z Watykanu, dwa pobyty w szpitalu, zabieg tracheotomii i kilka dni agonii.

1 lutego, jak wspominał papieski lekarz Renato Buzzonetti, w ciągu kilku godzin doszło do tak poważnego pogorszenia się i tak już kruchego stanu zdrowia papieża, że w obliczu groźby, że się udusi, podjęto decyzję o przewiezieniu go do kliniki Gemelli.

Po przeprowadzeniu kompleksowych badań i ustabilizowaniu stanu zdrowia oraz kuracji antybiotykowej Jan Paweł II powrócił do Watykanu 10 lutego. Jednak kolejne dni przynosiły kolejne kryzysy, wynikające z niewydolności osłabionego przez chorobę układu oddechowego. Wieczorem 23 lutego papież był w tak złym stanie, że jego przyjaciel kardynał Marian Jaworski udzielił mu sakramentu namaszczenia chorych. Po ciężkiej nocy, następnego dnia zapadła decyzja o następnej hospitalizacji.

Jana Pawła II poddano zabiegowi tracheotomii. Przed tym zabiegiem jego osobisty sekretarz, obecnie kardynał Stanisław Dziwisz nagrał krótkie przesłanie papieża, świadom tego, że w związku z operacją krtani, to prawdopodobnie jego ostatnie słowa. Nagranie to nigdy nie zostało upublicznione.

Zaraz po tym zabiegu papież już w swoim pokoju poprosił o kartkę i długopis. Napisał po polsku: "Co wy mi zrobiliście! Ale... Totus Tuus". Słowa te interpretowano potem jako dowód zdziwienia i niezadowolenia Jana Pawła II z nowej sytuacji, w jakiej się znalazł, gdy stracił praktycznie zdolność mówienia. Wkrótce potem zaczął wykonywać pierwsze ćwiczenia, by nauczyć się mówić z rurką tracheotomiczną.

13 marca wrócił do Watykanu, gdzie czuwała przy nim dzień i noc ekipa medyczna, złożona łącznie z dziesięciu specjalistów w dziedzinie reanimacji, kardiologii, chorób zakaźnych i otolaryngologii. Stan papieża pogarszał się; w rezultacie trudności z przełykaniem bardzo osłabł i stracił na wadze. Konieczne było odżywianie przez sondę.

W niedzielę 20 marca i w środę 23 marca, w porze audiencji generalnej bardzo osłabiony papież pojawił się w oknie Pałacu Apostolskiego, by pozdrowić w milczeniu wiernych. W Wielki Piątek 25 marca siedząc pełen cierpienia w swej kaplicy w Watykanie z krzyżem w ręku obserwował na ekranie telewizyjnym Drogę Krzyżową w Koloseum.

W Niedzielę Zmartwychwstania Pańskiego 27 marca mimo dramatycznych i przejmujących starań, które widział niemal cały świat, Jan Paweł II nie był w stanie wydobyć z siebie głosu, by pozdrowić dziesiątki tysięcy wiernych, zebranych na mszy na Placu świętego Piotra. Jego współpracownicy opowiadali potem, że straszliwie przeżył ten moment swej wielkiej słabości.

Wierni zobaczyli Jana Pawła II po raz ostatni w środę 30 marca, gdy stanął w oknie o tradycyjnej porze audiencji generalnej. I znów pozdrowił wszystkich w milczeniu.

Dzień później, 31 marca wieczorem był już umierający. Lekarze stwierdzili wstrząs septyczny wraz z ciężką niewydolnością kardiologiczną. Jan Paweł II, zapytany wprost o to, czy chce pojechać znów do szpitala, wyraził pragnienie pozostania w Watykanie.

Gdy w nocy rozeszła się wiadomość o nagłym pogorszeniu się stanu zdrowia papieża, natychmiast na Plac świętego Piotra zaczęli napływać rzymianie i obecni w Wiecznym Mieście wierni z całego świata.

Przez dwa następne dni rosnący z każdą chwilą tłum ludzi modlił się bez przerwy. Odgłosy tego modlitewnego czuwania przy umierającym Janie Pawle II dochodziły, jak relacjonowali potem jego najbliżsi współpracownicy, do pokoju, w którym był.

Od 2 kwietnia rano rozpoczęła się faza powolnej utraty przytomności. Po południu Jan Paweł II żegnał się ze swymi przyjaciółmi i współpracownikami. Wyszeptał słowa: "Pozwólcie mi odejść do Pana".

Około godziny 22, do 60 tys. osób odmawiających różaniec przed bazyliką watykańską, wyszedł arcybiskup Leonardo Sandri i ogłosił: "O godzinie 21.37 nasz Ojciec Święty powrócił do domu Ojca".

Już wtedy wśród wiernych na Placu świętego Piotra zaczęto wznosić jeszcze ciche i nieśmiałe głosy; "umarł święty".

Transparenty z hasłem "Santo Subito" (Natychmiast Święty) przyniosła na pogrzeb na Placu świętego Piotra 8 kwietnia rzymska Wspólnota świętego Idziego.

Rozpoczęła się wtedy wielka, niekończąca się pielgrzymka wiernych z całego świata, a także wyznawców innych religii do grobu Jana Pawła II w Grotach Watykańskich. Średnio - jak obliczono - hołd papieżowi oddawało nawet po 25 tys. osób dziennie.