Praktycznie we wszystkich diecezjach działają komisje historyczne, które mają wyjaśnić wszystkie kwestie dotyczące kontaktów duchownych z organami bezpieczeństwa PRL. Działania te zostały podjęte, zanim weszła w życie ustawa lustracyjna. Jak wiadomo, wzbudza ona szereg kontrowersji w różnych środowiskach, m.in. nauczycieli akademickich.

Podstawowe zasady w relacjach między Kościołem a państwem są regulowane przez Konkordat, który jest umową międzynarodową, a więc aktem wyższego rzędu aniżeli prawo krajowe. W tym kontekście pojawiły się wątpliwości, czy ustawa lustracyjna powinna dotyczyć także uczelni kościelnych – takich jak papieskie wydziały teologiczne, Papieska Akademia Teologiczna czy Ignatianum w Krakowie, wydziały teologiczne w Warszawie i Wrocławiu – lub wydawnictw kościelnych.

Nie chodzi o ukrywanie czegokolwiek. Akta IPN są jawne i wkrótce do nich dotrą dziennikarze i historycy. Chodzi o zasadę, aby państwo poprzez swe procedury nie naruszało autonomii Kościoła. Komisja Konkordatowa jest z pewnością dobrym miejscem, aby wszystkie wątpliwości w tej sprawie wyjaśnić.