Podczas specjalnych Mszy św. i nabożeństw do Miłosierdzia Bożego duchowni przepraszali Boga za swoje słabości i błędy w przekazywaniu Ewangelii, a przede wszystkim za współpracę w okresie komunizmu z tajnymi służbami PRL.

W Warszawie specjalnemu nabożeństwu pokutnemu przewodniczył Prymas Polski kard. Józef Glemp. W akcie pokutnym – wzorowanym na „wyznaniu win” Kościoła, jakie odbyło się 12 marca 2000 r. w Bazylice św. Piotra z udziałem Jana Pawła II – księża prosili Boga o przebaczenie za to, że „dla zrealizowania zleconych zadań posługiwali się metodami nieewangelicznymi”.

„Wybacz zdrady i uwikłania spowodowane strachem, ucieczką przed cierpieniem i trudnymi doświadczeniami, dążeniem do sukcesu, pogonią za korzyściami albo karierą. Daruj nam wszelkie paktowanie ze złem” – modlili się warszawscy kapłani. Podobne nabożeństwa i modlitwy, którym przewodniczyli biskupi, odprawiono we wszystkich polskich katedrach.