W drugiej połowie lat 30. narastał konflikt z władzami, który zakończył się we wrześniu 1937 r. zawieszeniem Zarządu Głównego ZNP, oskarżonego o propagowanie komunizmu oraz nadużycia finansowe. Głośna była także sprawa wydawanego przez ZNP tygodnika „Płomyk”, którego jeden z numerów gloryfikował stalinowski Związek Radziecki.

W czasie okupacji wielu działaczy ZNP włączyło się w prace Tajnej Organizacji Nauczycielskiej (TON). Organizowali, często z narażeniem życia, tajne nauczanie oraz aktywnie uczestniczyli w innych formach działania Polskiego Państwa Podziemnego.

Po wojnie początkowo ZNP z rezerwą przyglądało się „władzy ludowej”. Po 1948 r. stało się jednak ważnym instrumentem partii w realizacji eksperymentu budowy „nowego człowieka” i w walce z Kościołem. Ten okres w działalności związku nigdy nie został rozliczony.

ZNP pełniło także rolę branżowego związku zawodowego, który skupiał praktycznie wszystkich nauczycieli oraz wielu pracowników nauki. W grudniu 1981 r. ZNP zostało zdelegalizowane. Działalność mogło wznowić dopiero po rejestracji nowego statutu latem 1983 r. W środowiskach nauczycielskich nastąpił wyraźny podział. W czołówce ZNP znaleźli się partyjni aparatczycy, często osobiście zaangażowani w zwalczanie swych kolegów z „Solidarności”. Z taką kadrą ZNP weszło do III RP.