Akt konfederacji warszawskiej, zapewniającej szlachcie Rzeczpospolitej Obojga Narodów swobodę wyznania, został uchwalony przez Sejm 28 stycznia 1573 r. Stał się podstawą polityki wyznaniowej w ówczesnej Polsce i trafił do większości zarysów dziejów tolerancji.
Po śmierci ostatniego z Jagiellonów Zygmunta Augusta, w dniach 6-29 stycznia 1573 roku na stołecznym Zamku Królewskim miał miejsce sejm konwokacyjny, którego głównym celem było określenie terminu i miejsca elekcji nowego władcy. Przedmiotem obrad stał się także projekt dokumentu zapewniającego swobodę wyznania szlachty w Rzeczpospolitej Obojga Narodów.
Inicjatorami aktu mającego zapewnić "pokój religijny" w Polsce byli, jak sądzą historycy, przedstawiciele rodziny Zborowskich oraz posłowie ziemscy z Wielkopolski. Utworzona została 15-osobowa komisja pod przewodnictwem senatora i biskupa kujawskiego Stanisława Karnkowskiego. Jej posiedzenia miały miejsce od 22 do 27 stycznia. Projekt była też kilkakrotnie przeformułowany, by stać się podstawą kompromisowego aktu pomiędzy katolikami a protestantami.
"Po publicznej, burzliwej dyskusji, pod bezpośrednim nadzorem biskupa krakowskiego, podkanclerzego koronnego Franciszka Krasińskiego i za zgodą innych biskupów, tekst konfederacji przyjęty został większością głosów w dniu 28 stycznia" - relacjonowali Mirosław Korolko i Janusz Tazbir w publikacji "Konfederacja warszawska 1573 roku wielka karta polskiej tolerancji". Wobec aktu konfederacji protestowało wielu hierarchów kościelnych. Ostateczne potwierdzenie dokumentu miało miejsce w czasie Sejmu elekcyjnego odbywającego się pomiędzy 3 kwietnia a 15 maja we wsi Kamień koło Warszawy (obecnie dzielnica Pragi - Kamionek).
"W datach istotnych nie tylko dla historii Polski mieści się również dzień 28 stycznia 1573 roku. Wówczas to bowiem szlachta i magnateria korony oraz Litwy uchwaliły wielką kartę polskiej tolerancji w postaci konfederacji warszawskiej. Jej zasadniczym celem było zapewnienie spokoju na terenie państwa liczącego ok. 800 tys. km kw., i to w okresie tak burzliwym i niosącym ze sobą liczne niespodzianki, jakim było pierwsze bezkrólewie" - piszą Korolko i Tazbir.
W ich ocenie, podobne konfederacje zawierano później wielokrotnie, jednak uchwałę warszawską różniło od nich to, że wśród wielu postanowień zawierała potwierdzenie swobód wyznaniowych szlachty polskiej. "Jej sygnatariusze zobowiązali się do nienarzucania wiary przemocą; gdyby zaś władza zwierzchnia próbowała wszcząć prześladowania religijne, mieli się temu zdecydowanie przeciwstawić. Konfederacja warszawska gwarantowała szlachcie pełną swobodę w wyborze wyznania, ponieważ zaś nie określała, o jaką konfesję chodzi, dopuszczała przeto do istnienia w ówczesnej Rzeczypospolitej przeróżnych sekt i kościołów" - podkreślono w publikacji "Konfederacja warszawska 1573 roku wielka karta polskiej tolerancji".
Zdaniem historyków, konfederacja była dziełem zbiorowym, świadczącym o dużej dojrzałości politycznej społeczeństwa szlacheckiego. Różnowiercom zapewniała dostęp do wszelkich godności, urzędów i nadań ziemskich, a władzom państwowym zabraniała ingerencji w sprawy sumień obywateli szlacheckiej Rzeczypospolitej.
Akt konfederacji warszawskiej został konstytucją sejmową po ratyfikowaniu jej wraz z artykułami henrykowskimi przez króla Stefana Batorego w 1576 r. Urzędowy tekst dokumentu z 1573 r. opublikowano w zbiorze konstytucji sejmowych w 1579 r. w Krakowie. O tego czasu każdy elekcyjny król Rzeczypospolitej potwierdzał konfederację warszawską przy koronacji. W ten sposób stała się podstawą polskiej polityki wyznaniowej, a Rzeczpospolita została azylem innowierców z wielu krajów europejskich.
Konfederacja warszawska znalazła się w większości szkiców historii tolerancji wydanych zarówno w Europie, jak i w USA. Dokument był wielokrotnie przedrukowywany i tłumaczony na inne języki. Trafił także na Listę Światową Programu UNESCO "Pamięć Świata". W okresie powojennym akt konfederacji, dosyć już jednak zniszczony, umieszczono w zbiorach Archiwum Głównego Akt Dawnych.